Od dwóch lat placówka jest jednak w impasie. Różnice zdań wystąpiły m.in. przy ocenie napisanego przez historyka Piotra Osękę scenariusza wystawy stałej, bez której nie może być mowy o funkcjonowaniu muzeum. – W 11 blokach tematycznych było tam miejsce i na historię polityczną, i tło społeczne lat 1944–1989. Pokazano tam po prostu polskie drogi do wolności – mówi Jadwiga Emilewicz. Nie spodobało się to m.in. Januszowi Sepiołowi, członkowi Rady Programowej muzeum. Nie podobało się chyba także jego pomysłodawcom, którzy na początku 2010 r. niespodziewanie wystąpili z pomysłem usamodzielnienia placówki i przejęcia jej przez miasto Kraków.

Prezydent Jacek Majchrowski przystał na to, zaś 7 listopada usamodzielnienie usankcjonowała Rada Miasta. Dyskusja była jednak ostra. Minister kultury Bogdan Zdrojewski zadeklarował, że przez 5 lat ministerstwo będzie przekazywało corocznie milion złotych na prowadzenie placówki. Wiceprezydent Magdalena Sroka zapewniała radnych, że dodatkowe pieniądze zostaną przekazane również na aranżację wnętrza. Nie wiadomo jednak, co stanie się z finansowaniem muzeum po 2018 roku. Według urzędników gminy Kraków, roczny koszt działalności placówki wyniósłby ok. 2,5 mln zł. Wpływy z biletów zaplanowano na 1 mln zł. Wobec tego miasto musiałoby dokładać kilkaset tysięcy złotych. Ta suma może jednak kilkakrotnie wzrosnąć, jeżeli ministerstwo zaprzestanie współfinansowania.

Nie wiadomo jeszcze, jak ostatecznie będzie brzmiała nazwa placówki. Być może pozostanie stara, być może pojawi się nowa, np. – jak proponowano – "Nowa Huta – Laboratorium Utopii". Tak czy inaczej, ekspozycja stała nie pojawi się wcześniej niż w 2016 r.