Najbardziej uroczysta Msza św. odbyła się w Kolegiacie św. Anny. - Wchodzimy w tę Eucharystię, jako Kościół, który ma papieża. Wyjdziemy, jako Kościół, który nie będzie miał papieża - mówił, rozpoczynając liturgię, bp Grzegorz Ryś. - Co nie oznacza, że nie będziemy mieli głowy - podkreślił, przypominając jednocześnie, że prawdziwą głową Kościoła jest Chrystus.

W wygłoszonej homilii bp Grzegorz Ryś nawiązał do głównym wątków nauczania Benedykta XVI. - Papież stał przed nami przez 8 lat i krzyczał: jest Bóg! jest możliwość doświadczenia spotkania z Chrystusem! - mówił, wyjaśniając, że wiara, w której papież widział rozwiązanie ludzkich problemów to nie światopogląd ani system etyczny, ale osobiste spotkanie i doświadczenie.

Komentując ewangeliczną przypowieść o bogaczu i łazarzu, bp Grzegorz Ryś, przypomniał m. in. słowa Benedykta XVI, który powiedział, że we współczesnym świecie wiara w postęp zastąpiła chrześcijańską nadzieję. - Kto ma nadzieję, żyje inaczej - mówił, przywołując słowa z encykliki Benedykta XVI „Spe Salvi”. - Bóg nam dał papieża, który pokazał, że można żyć inaczej.

W krakowskim kościele akademickim licznie zgromadzili się zarówno mieszkańcy miasta, jak i studenci, pracownicy naukowi uczelni, kapłani oraz klerycy. W imieniu zgromadzonych na tej Mszy św. przygotowany został także list do Benedykta XVI, zawierający podziękowanie za jego służbę Kościołowi i zapewnienie o modlitwie.

Każdy obecny w kolegiacie po zakończeniu Eucharystii mógł podpisać się na jednej z przygotowanych kartek, które zostaną dołączone do listu. Ze względu na ogromną liczbę chętnych, podpisy można składać jeszcze przez cały piątek, 1 marca.

Dokładnie w chwili zakończenia pontyfikatu, o godz. 20.00, nad miastem rozległo się bicie dzwonów krakowskich świątyń. Zabrzmiał także najsłynniejszy z nich - wawelski „Zygmunt”.