Franciszkanów do Wieliczki zaprosili w 1623 roku radni miejscy i zarządzający kopalnią soli. Zarówno teren, jak i pieniądze na budowę klasztoru i kościoła pochodziły właśnie ze środków kopalni. Jak podkreśla gwardian klasztoru o. Jacek Biegajło, od tej pory wspólnota zakonników mocno związała się z życiem miasta. – Nasi ojcowie zawsze posługiwali wśród pracujących w kopalni, byli ich spowiednikami, ojcami duchownymi, odprawiali też Msze św. w ich intencji – opowiada o. J. Biegajło i dodaje, że dziś również jeden z franciszkanów pracuje jako kapelan górników i w każdą niedzielę o godz. 7.30 odprawia Mszę św. pod ziemią, w kaplicy św. Kingi.