Podczas prac osuszone zostały mury w zachodnim skrzydle, odnowione sklepienia, kamienne portale oraz okna. Wymieniono instalacje grzewczą i elektryczną oraz zamontowano oświetlenie wiszących w krużgankach obrazów. Same obrazy także odnowiono (a wraz z nimi prawie 100 różnorodnych epitafiów).

Zamontowano nowoczesne oświetlenie, podkreślające wybrane fragmenty obrazów. W posadzce krużganków został także umieszczony system multimedialny, pozwalający na montaż ekranów i rzutników bez konieczności rozwijania dodatkowych kabli. Ma to ułatwić organizowanie imprez kulturalnych i koncertów w nowej przestrzeni.

– Mam nadzieję, że efekty tych prac będą służyły temu, by to miejsce pozostało żywe – mówił Piotr Białko z firmy konserwatorskiej, podczas uroczystej prezentacji odnowionych krużganków, która odbyła się 5 listopada.

W czasie remontu dokonano także odkryć rzucających nowe światło na historię krakowskiego konwentu. Odnaleziono m.in. fundamenty poprzednich krużganków, znacznie węższych od obecnych, które swój kształt zyskały po pożarze klasztoru w XIX wieku. Odkryto też XIII-wieczną ścianę, na której widać ślady prac kilku pokoleń konserwatorów (z XIX i XX w.), a także również pochodzący z XIII wieku ceglany łuk, będący jednym z pierwszych przykładów wykorzystania tego materiału w Krakowie.