Mszy św. przewodniczył abp Marek Jędraszewski. Wśród koncelebrujących był m.in. kard. Stanisław Dziwisz. – Najbardziej istotnym, dobrym dziełem jego życia było dzieło jego wiary – wspomniał o świętym biskupie metropolita krakowski.

Przypomniał także słowa Jana Pawła II z homilii kanonizacyjnej bp. Pelczara z 18 maja 2003 r.: „Wynosząc do chwały ołtarzy Józefa Sebastiana, modlę się za jego wstawiennictwem, aby blask jego świętości był dla sióstr sercanek, dla Kościoła w Przemyślu i dla wszystkich wierzących w Polsce i na świecie zachętą do takiego [jak on] umiłowania Chrystusa i Jego Matki”. – To wezwanie św. Jana Pawła II trwa w naszych serca, w naszej pamięci. I każdego dnia tej niełatwej obecnie polskiej wolności widzimy, że ten apel nieustannie jest aktualny – zaznaczył abp Jędraszewski.

W czasie liturgii metropolita posługiwał się pastorałem i kielichem św. Józefa Sebastiana Pelczara. Kielich został ofiarowany przez świętego Krakowskiej Kapitule Katedralnej 3 lutego 1899 r., a pastorał jest darem, jaki biskup przemyski otrzymał od studentów Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego w dniu, w którym żegnał się z uczelnią.

Siostry sercanki, jako wyraz wdzięczności zgromadzenia, ofiarowały do katedry ozdobny ornat z wizerunkiem swojego założyciela.

Związki świętego z Krakowem były wieloletnie. Od 1877 r. przez 22 lata był wykładowcą na Wydziale Teologicznym. Był również dziekanem tego wydziału, zaś w latach 1882–1883 – rektorem uczelni. Świadectwem docenienia jego zasług dla Kościoła krakowskiego było m.in. wybranie go kanonikiem kapituły. W mieście u stóp Wawelu ks. prof. Pelczar założył w 1894 r. zgromadzenie sióstr sercanek, które miało zajmować się „szerzeniem królestwa miłości Serca Jezusowego”.