Urodził się 6 marca 1926 r. w Suwałkach, wychował w Radomiu, lecz jego rodzina ze strony ojca wywodziła się z podkrakowskich Szarowa i Brzezia. Stryjowie mieszkali już w Krakowie. Andrzej Wajda, zwiedzając w 1941 r. krakowskie kościoły, postanowił zostać malarzem. W 1943 r. zamieszkał u stryjów w Krakowie, ukrywając się przed Niemcami ze względu na zaangażowanie się w działalność Armii Krajowej w Radomiu. W 1946 r. został studentem krakowskiej Akademii Sztuk Pięknych. W trakcie studiów przeniósł się jednak do Szkoły Filmowej w Łodzi. Później osiadł w Warszawie, poświęcając się tworzeniu filmów fabularnych.

Do Krakowa wracał jednak wielokrotnie. To miasto stało się dla niego drugim domem w latach 70., gdy reżyserował dramaty w Starym Teatrze. "Biesy" Dostojewskiego, "Noc listopadowa" Wyspiańskiego, "Nastasja Filipowna" według Dostojewskiego, kilkuczęściowa opowieść teatralna "Z biegiem lat, z biegiem dni" i ekranizacja "Wesela" Wyspiańskiego związały go znów mocno z krakowskim środowiskiem artystycznym. W Krakowie kręcił również zdjęcia do swojego filmu "Katyń" (2007).

Przez lata składał kolejne dowody przywiązania do podwawelskiego grodu. Dzięki jego wysiłkom i znacznej sumy pieniędzy z uzyskanej w 1987 r. japońskiej Nagrody Kioto, w 1994 r. nad Wisłą stanął piękny budynek zaprojektowany przez Aratę Isozaki, wybitnego architekta z Kraju Kwitnącej Wiśni. Powstało w nim Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej "Manggha", mające prezentować m.in. bogate zbiory sztuki japońskiej ofiarowane przed wojną Krakowowi przez Feliksa Jasieńskiego "Mangghę". Tutaj przechowywane jest również bogate archiwum reżysera.

Andrzej Wajda doprowadził również do wybudowania przy pl. Wszystkich Świętych Pawilonu Wyspiański, gdzie umieszczono przeznaczone do katedry wawelskiej i niezrealizowane za życia artysty witraże Stanisława Wyspiańskiego. W 2000 roku przekazał do Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego statuetkę Oscara, przyznaną mu za całokształt twórczości. Doprowadził również do powstania w Nowej Hucie Muzeum PRL.

W Krakowie wywdzięczano się zaś twórcy m.in. przyznaniem doktoratu honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego (1989), srebrnym medalem "Cracoviae Merenti" (1995, wraz z Krystyną Zachwatowicz), zorganizowaniem na 70. urodziny Roku Andrzeja Wajdy (1996) oraz uroczystościami 90. urodzin w 2016 r.