Sobotnie uroczystości jubileuszowe Uniwersytetu Jagiellońskiego rozpoczęła Msza św w wawelskiej katedrze. Wcześniej zabrzmiał dźwięk "Zygmunta”, zaś rektor, prorektorzy i studenci UJ złożyli kwiaty przy grobach fundatora uczelni króla Kazimierza Wielkiego i odnowicieli Akademii Krakowskiej króla Władysława Jagiełły i królowej Jadwigi.  

W okolicznościowej homilii kard. Stanisław Dziwisz przypomniał postać kanonizowanego niedawno Jana Pawła II, który był studentem polonistyki, a następnie absolwentem Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego. – Kiedyś powiedział, że niewiele jest rzeczy równie ważnych w życiu człowieka i społeczeństwa, jak posługa myślenia. Jako profesor, biskup, a potem papież wiele mówił o intelektualnej i moralnej odpowiedzialności – powiedział w homilii metropolita krakowski.

Kard. Dziwisz przywołał także przemówienie Jana Pawła II z uroczystości nadania mu doktoratu honoris causa UJ w 1983 roku. Papież powiedział wtedy, że stykając się na co dzień z UJ, ani na chwilę nie stracił świadomości, że "obcuje z wielkością, jedną z tych, które stanowią o miejscu Ojczyzny w dziejach ogólnoludzkiej kultury”.

Po Mszy ze wzgórza wawelskiego do Auditorium Maximum ulicami miasta przeszedł tradycyjny Orszak Akademicki, a w nim studenci i doktoranci, wykładowcy i władze 15 wydziałów uczelni, goście zaproszeni na jubileusz, doktorzy honoris causa, byli rektorzy oraz obecni prorektorzy i rektor UJ.

Artystyczny program obchodów 650-lecia UJ rozpoczął w piątkowy wieczór specjalny koncert oratoryjny w Filharmonii Krakowskiej im. Karola Szymanowskiego. Pierwsze życzenia rektorowi uniwersytetu złożył dyrektor naczelny Filharmonii Krakowskiej Bogdan Tosza.  Prof. Wojciech Nowak przypomniał, że właśnie w ten dzień, 9 maja 2014 r., Sejm RP podjął przez aklamację uchwałę upamiętniającą 650. rocznicę założenia Uniwersytetu Jagiellońskiego, w której "wyraża hołd i uznanie dla intelektualnego dorobku pokoleń uczonych i absolwentów tej uczelni" oraz stwierdza, że "Uniwersytet Jagielloński jest klejnotem narodowego skarbca”.

Pierwszym utworem, który zabrzmiał podczas koncertu, był mazur z opery "Straszny Dwór" Stanisława Moniuszki.