Jan Pamuła w rozmowie kuluarowej stwierdził, ze problemem dla portu lotniczego w Balicach jest  ciągły opór nadleśnictwa w Zabierzowie w kwestii wycięcia drzew na wzgórzu, od strony podejścia lądujących samolotów. Opór ten uniemożliwia rozbudowę  i przedłużenia pasa, na startują i lądują samoloty.

Problemem jest także wzmożony ruch tranzytowy pojazdów wokół lotniska. Co prawda w planach jest budowa m.in. dwóch nowych skrzyżowań w formie ronda ale jak podkreśla prezes Pamuła, powinna być wybudowana m.in. także estakada na torami kolejki, która docierać będzie bezpośrednio do terminala. Zasugerowano to władzom województwa małopolskiego.

Specyfiką prowadzonych prac w Balicach jest to, że są one prowadzone w kilku etapach i są one tak prowadzone, aby zapewnić ciągła pracę  lotniska i zminimalizować  uciążliwości związane z budową. Wykonane w poszczególnych etapach  fragmenty obiektów i dróg są płynnie włączane do eksploatacji.