Mszę św. w intencji wspólnoty akademickiej koncelebrował abp Marek Jędraszewski, metropolita krakowski. Wspomniał odwiedziny kolegiaty akademickiej św. Anny przez św. Jana Pawła II w 1997 r., z okazji 600-lecia utworzenia Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Krakowskiego. Ojciec Święty mówił wówczas m.in. o odpowiedzialności i wrażliwości etycznej uczonych. - Konieczna jest ogromna wrażliwość osobista, etyczna, przejawiając się w takich cnotach moralnych, jak szczerość, odwaga, pokora, uczciwość oraz autentyczna troska o człowieka. Dzięki temu, że taki jest etos człowieka nauki, możliwe staje się zachowanie tak koniecznej równowagi między wolnością w poszukiwaniu prawdy a zobowiązaniami o charakterze etycznym. Ojciec Święty wielokrotnie powtarzał na różnych areopagach współczesnego świata, zwłaszcza w trakcie spotkań ze światem nauki, że nie wszystko, co jest technicznie możliwe, jest równocześnie etycznie dozwolone - wskazał abp Jędraszewski. - Wsłuchujemy się w głos papieża, będąc przekonanymi, że nam dzisiaj, zebranym w kolegiacie św. Anny, błogosławi ze swojego niebiańskiego okna i wstawia się za nami, byśmy razem ze zdobywaną wiedzą odważnie kroczyli i dążyli drogami mądrości - dodał metropolita krakowski. - Niech rozkwitają w wiedzy, radości i mądrości, która staje się osobistym bogactwem środowiska akademickiego, ale także bogactwem narodu, który mądrością i potęgą uniwersytetów żyje - życzył abp Jędraszewski całej wspólnocie akademickiej.

Rektor uczelni prof. Wojciech Nowak, prorektorzy oraz przedstawiciele 16 wydziałów UJ, ubrani w tradycyjne togi, przeszli ulicami Krakowa w orszaku akademickim z Collegium Maius, najstarszej siedziby uniwersytetu, obok Collegium Novum aż do Auditorium Maximum, gdzie odbyła się uroczystość inauguracyjna.

Rektor wspomniał, że rozwój uczelni w ostatnich latach przejawiał się nie tylko w kształceniu rzesz studentów i postępie badań, lecz także w rozbudowie infrastruktury, m.in. powstaniu III Kampusu UJ w Pychowicach. Za wzór jakości studenta UJ postawił Mateusza Hołdę, który w bieżącym roku obronił doktorat z medycyny jeszcze przed formalnym zakończeniem podstawowych studiów lekarskich.

Odniósł się również do aktualnej sytuacji politycznej w kraju. - Uniwersytet ma uczyć polityki, a nie uprawiać politykę. (...) Mamy nadzieję wskazać politykom, że można, trzeba i należy mieć wolę porozumienia. Istnieje mnogość problemów i dróg ich rozwikłania, jednakże pamiętajmy, że Polskę i społeczeństwo mamy tylko jedno - powiedział prof. Nowak. - Nasz wspólny wysiłek warunkuje sukces - rozwój uniwersytetu, a minione 653 lata działalności to nasze zobowiązanie wobec przeszłości i przyszłości Polski - dodał rektor.

W imieniu rządu wystąpił dr Jarosław Gowin, wicepremier, minister nauki i szkolnictwa wyższego, wychowanek UJ. Przedstawił m.in. założenia projektowanej nowej ustawy, zwanej „konstytucją dla nauki”. Wspomniał również projektowaną ustawę o innowacyjności, której głównymi autorami są inni wychowankowie UJ, wiceministrowie: dr Jadwiga Emilewicz i dr Piotr Dardziński. - Uczelnie były i są kuźnią polskich elit. Chcemy poszerzyć autonomię uczelni, zwiększyć ich finansowanie. (...) Proszę, byście ten - używając słów ks. prof. Józefa Tischnera - „dar wolności” wykorzystali na rzecz otwarcia na wyzwania XXI wieku - powiedział wicepremier Gowin.