Po pożarze (1518 r.) i odbudowie kościoła ok. 1576 r. został on przekształcony na zbór kalwiński. W czasach reformacji administracja kościelna w Wysokiej utraciła też status parafii, stając się filią sąsiedniej parafii Marcyporęba. Ten stan trwał do roku 1786. Następnie do roku 1955 Wysoka pod względem kościelno-prawnym posiadała status ekspozytury. W 1966 r., dekretem kard. Karola Wojtyły, kościół w Wysokiej otrzymał tytuł probostwa. W latach 2006-2014 dokonano natomiast gruntownej rozbudowy świątyni i przykościelnej infrastruktury.

Metropolita krakowski podczas uroczystej konsekracji świątyni, czyli oddaniu jej na własność Bogu, przypomniał parafianom słowa Jezusa skierowane do św. Piotra: "Ty jesteś Piotr, czyli opoka, i na tej opoce zbuduję Kościół mój, a bramy piekielne go nie przemogą".

- Na tej Chrystusowej obietnicy zaczął budować się Kościół, który będzie trwać aż do skończenia świata, kiedy przyjmie nową postać. (…) Między tymi dwoma momentami rozciąga się wielka historia Bożego ludu, który wsłuchany w Boże słowo zdąża za Chrystusem, mocą Ducha Świętego, do swego ostatecznego spełnienia - zauważył.

Podkreślał też, że Kościół jest wspólnotą, która potrzebuje miejsca, by oddawać cześć i chwałę Bogu, a odwołując się do 900-letniej historii parafii zaznaczył, że konsekracja wyznacza ważny etap w dziejach chrześcijan z Wysowej.

- Oto zostaje oddana Najwyższemu Bogu świątynia. Jemu na chwałę, ludziom dla zbawienia (…). Historia Wysokiej i świątyń, które się tu wznosiły, pokazuje, jak bardzo troszczono się, aby Boża chwała rozbrzmiewała jak najbardziej donośnie. (…) To jest dzieło waszej wiary, miłości i zawierzenia Panu Bogu - przekonywał metropolita, dodając: - Z głębokim przekonaniem i wdzięcznością mówię: Bóg wam zapłać! Zróbcie wszystko, aby ta świątynia - dzieło waszych serc, pracy i troski o jej piękno - była żywym Kościołem. Prosił też mieszkańców parafii, by przekazywali skarb wiary następnym pokoleniom

Z kolei proboszcz parafii ks. Adam Stawarz, dziękując arcybiskupowi za przewodniczenie uroczystości, docenił jego niezłomną odwagę w bezkompromisowym bronieniu wiary, krzyża i Ewangelii.

- Dziękujemy, że w tak trudnych czasach deptania tego, co najświętsze, głosisz prawdę o człowieku i jego niezwykłej godności - mówił ks. Stawarz.