Trzy kaplice, które swoim wyglądem nawiązują do bazyliki Zwiastowania w Nazarecie, bazyliki Narodzenia Pańskiego w Betlejem i bazyliki Grobu Pańskiego w Jerozolimie, są darem Komisariatu Ziemi Świętej dla papieskiego sanktuarium. Powstały dla uczczenia ważnych rocznic: 800 lat stałej obecności zakonu franciszkanów w Ziemi Świętej, 800 lat od pokojowej pielgrzymki św. Franciszka z Asyżu do Ziemi Świętej i jego spotkania z sułtanem, a także jubileuszu pielgrzymki Jana Pawła II do ojczyzny Jezusa w 2000 roku.

- Teraz pielgrzymi mogą sami przybywać tutaj i nawiedzać niemych świadków wydarzeń sprzed dwóch tysięcy lat - mówił komisarz Ziemi Świętej w Polsce o. Paschalis Kwoczała OFM.

W uroczystości wziął udział także delegat kustosza Ziemi Świętej o. Zacheusz Drążek OFM, który jest przełożonym klasztoru franciszkanów przy bazylice Grobu Pańskiego w Jerozolimie. - Jestem szczęśliwy, że trzy najważniejsze wydarzenia z historii zbawienia są ujęte w tych kaplicach - wyznał.

Kaplice znajdują się za prezbiterium w sanktuarium św. Jana Pawła II.

Spośród wszystkich kaplic w tej świątyni największa jest Kaplica Kapłańska, w której znajduje się płyta z grobu Jana Pawła II oraz kopia cudownego wizerunku Matki Bożej Kalwaryjskiej. Zaprojektowana została na wzór krypty św. Leonarda na Wawelu, w której ks. Karol Wojtyła odprawił swoją prymicyjną Mszę św. Na płycie nagrobnej papieża umieszczony jest relikwiarz wykonany na wzór otwartego Ewangeliarza, którego strony przewracał wiatr w czasie jego pogrzebu.

W kościele znajdują się także Kaplica Pojednania, w której odbywa się spowiedź św., oraz krypty grobowe, gdzie w kamiennych sarkofagach spoczywają zmarli kardynałowie Andrzej Maria Deskur oraz Stanisław Nagy. Wyjątkowy charakter ma kaplica św. Kingi, ufundowana przez Kopalnię Soli w Wieliczce. W jej centralnej części znajduje się wykonana z soli figura świętej, zaś ściany zdobią solne płaskorzeźby przedstawiające sceny z Ewangelii.

W dolnej części sanktuarium znajduje się ośmioboczny Kościół Relikwii, w którym przechowywane są relikwie krwi św. Jana Pawła II, papieski krzyż pastoralny, ornat wraz z mitrą oraz krzyż, przed którym modlił się Jan Paweł II w swojej prywatnej kaplicy w czasie ostatniej za życia Drogi Krzyżowej w rzymskim Koloseum w 2005 roku.

Franciszkanie w Ziemi Świętej opiekują się miejscami świętymi związanymi z życiem Jezusa Chrystusa, troszczą się o miejscowe wspólnoty chrześcijańskie, przyjmują pielgrzymów, prowadzą szkoły i szpitale. Ponadto Kustodia Ziemi Świętej rozwija działalność naukową i wydawniczą, prowadzi wykopaliska archeologiczne, a także opiekuje się ofiarami konfliktu wojennego w Syrii. Dziś na Bliskim Wschodzie pracuje 256 braci mniejszych, którzy pochodzą z 41 krajów i posługują w 55 klasztorach i sanktuariach. Misję kustodii wspierają Komisariaty Ziemi Świętej działające na całym świecie - wszędzie tam, gdzie są franciszkanie.