O. Maksymilian Kolbe nie był jedynym późniejszym świętym, który mieszkał na terenie klasztoru franciszkanów.  Swoje lokum, w czasach, gdy był profesorem Uniwersytetu Jagiellońskiego, znalazł tu także Józef Sebastian Pelczar. W czasie II wojny światowej, w związku z tym, że Wawel był zajęty przez Niemców, biskupi krakowscy sprawowali liturgię w bazylice franciszkanów. Św. Jan Paweł II jako papież był tu w 1979 i 1991 r., gdy beatyfikował Anielę Salawę, której relikwie znajdują się w sarkofagu na terenie  świątyni.

W murach bazyliki był także w 2016 r. papież Franciszek i przy relikwiach błogosławionych męczenników franciszkańskich: Michała Tomaszka i Zbigniewa Strzałkowskiego, którzy spędzili tu 6 lat swojej formacji kapłańskiej i zakonnej, modlił się za ofiary terroryzmu. Była to również świątynia bliska sercu kard. Franciszka Macharskiego m.in. ze względu na osobę jej i jego patrona. Tu w 1950 r. przyjął święcenia kapłańskie z rąk abp. Adama Stefana Sapiehy, a potem modlił się często. Nic dziwnego, że po jego śmierci bazylikę franciszkańską wybrano na dwudniowe uroczystości żałobne w dniach 3-4 sierpnia 2016 r.

Z kościołem, w czasach, gdy stał się bazyliką, byli związani dwaj wybitni artyści malarze: Jacek Malczewski i Józef Mehoffer. Malczewski był tercjarzem franciszkańskim i został pochowany w habicie tercjarskim. Nim trumna z jego ciałem została złożona w październiku 1929 r. w Panteonie Narodowym na Skałce, odprawiono przy niej Mszę św. u franciszkanów. J. Mehoffer w latach 1933-1946 namalował zaś w kaplicy Męki Pańskiej cykl obrazów Drogi Krzyżowej.

Niepowtarzalną okazję prześledzenia tego, co działo się przez 100 lat od nadania kościołowi tytułu bazyliki, daje wystawa na krużgankach klasztornych. Pokazano m.in. oryginał listu apostolskiego papieża Benedykta XV "Cracoviae in Polonia" z 23 lutego 1920 r. nadający kościołowi św. Franciszka z Asyżu i braci mniejszych konwentualnych w Krakowie, "ze względu na chwalebną pamięć o tej sławetnej świątyni" godność i tytuł bazyliki mniejszej, zdjęcia bp. Adama Stefana Sapiehy i papieża Benedykta XV oraz ówczesnych przełożonych franciszkańskich: o. Alojzego Karwackiego, prowincjała  i o. Mariana Sobolewskiego, gwardiana klasztoru, a także afisz zapraszający na uroczystości z okazji podniesienia kościoła franciszkanów do godności bazyliki mniejszej.

O ludziach związanych z bazyliką przypomina m. in.   fotografia zmarłego Jacka Malczewskiego w stroju tercjarza franciszkańskiego, zdjęcie z Mszy św. pogrzebowej odprawionej w bazylice 12 października 1929 r., zdjęcie z uroczystości żałobnych kard. F. Macharskiego w 2016 r., portrety św. Józefa Sebastiana Pelczara, bł. Anieli Salawy i św. Maksymiliana Kolbe, księga wpisów Rycerstwa Niepokalanej, pierwszy numer "Rycerza Niepokalanej" wydany w Krakowie w 1922 r.,  pamiątki Chóru Cecyliańskiego, założonego przy bazylice w 1923 r. przez kompozytora i dyrygenta o. Bernardina Rizziego w 1923 r., jego portret rysunkowy, wykonany przez J. Mehoffera w 1927 r., stuła ofiarowana bazylice przez papieża Jana Pawła II 6 czerwca 1979 r., relikwie bł. Michała Tomaszka i bł. Zbigniewa Strzałkowskiego, tron, na którym siedział papież Jan Paweł II podczas spotkania z chorymi 6 czerwca 1979 r., ornat, w którym odprawiał Mszę św. na rozpoczęcie 1978 r., w którym został wybrany na Stolicę Piotrową.

  Na krużgankach klasztornych można było zobaczyć m.in. oryginał listu apostolskiego "Cracoviae in Polonia" papieża Benedykta XV, nadający świątyni tytuł bazyliki mniejszej.