Urodził się w rodzinie tradycyjnej, wierzącej i praktykującej Dziesięcioro przykazań na co dzień. Z tego wypływały późniejsze postawy profesora – przypomina prof. Marian Wolski, historyk z Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II, przewodniczący Rady Fundacji im. Zofii i Jana Włodków, współorganizującej wraz z Uniwersytetem Rolniczym i krakowskim oddziałem Instytutu Pamięci Narodowej rocznicową konferencję naukową przypominającą postać J.Z. Włodka. Jego przodkowie, o czym przypomniał dr Bartosz Drzewiecki z Uniwersytetu Pedagogicznego w Krakowie, dobrze gospodarowali w swoich majątkach, pełnili także odpowiedzialne funkcje społeczne i polityczne. Pradziadek był burmistrzem Wieliczki, dziadek i ojciec zaś – marszałkami powiatu bocheńskiego i posłami do austriackiej Rady Państwa.

– Jego życie, także to naukowe, było podporządkowane dobru wspólnemu. Badania, które prowadził, miały sprawiać, by nasze życie było lepsze. Gdy sytuacja tego wymagała, mimo słabego zdrowia, wdziewał mundur i stawał z innymi żołnierzami, by walczyć o niepodległość Polski. Jest reprezentantem pokolenia, które – zdawałoby się, wbrew dziejowej logice – przywróciło po 123 latach Polsce niepodległość i nie spoczęło na laurach, lecz z pełnym zaangażowaniem włączyło się w budowę wolnej i suwerennej Rzeczypospolitej – mówi prof. Filip Musiał, dyrektor oddziału IPN w Krakowie. „Zmartwychwstanie Polskie jest dla mnie kategoryą [czymś kategorycznym], zasadą mojego myślenia nie podlegającą logice.

Przodkowie nasi udowodnili tę konieczność, czy to z bronią w ręku, czy to wojną polityczną” – deklarował J.Z. Włodek przed I wojną światową. Jego patriotyzm nie ograniczał się jednak do deklaracji. Szły za tym czyny na każdym etapie życia – czy to w czasie wojny, czy pokoju. Podczas I wojny światowej wstąpił do Legionów Polskich... wraz z własnym automobilem. Odkomenderowano go do Departamentu Wojskowego Naczelnego Komitetu Narodowego, gdzie jego dowódcą był płk Władysław Sikorski, późniejszy naczelny wódz Polskich Sił Zbrojnych, a potem na front wołyński do I Brygady Legionów. Z tego okresu pochodzi duża kolekcja wykonanych przez niego fotografii dokumentujących epopeję legionową, znajdująca się obecnie w Muzeum Historii Fotografii w Krakowie.

Po odzyskaniu niepodległości J.Z. Włodek został pierwszym szefem polskiej placówki dyplomatycznej w Hadze, urzędującym od 18 września 1918 r. do 12 marca 1920 roku. Po powrocie do kraju poświęcił się pracy naukowej na UJ, gospodarowaniu we własnych majątkach w Dąbrowicy, Niegowici i Marszowicach oraz działalności społecznej. Był uczonym agronomem, kierownikiem rolniczej stacji doświadczalnej Uniwersytetu Jagiellońskiego w Mydlnikach, badaczem i miłośnikiem Tatr, dziekanem Wydziału Rolniczego UJ, którego tradycje dziedziczy UR.

– Przez wiele lat kierował Katedrą Uprawy Roli i Roślin. Był pionierem badania zagadnień łąkarsko-pastwiskowych, m.in. w Tatrach – przypomina prof. Florian Gambuś, prorektor UR. J.Z. Włodek uważał rolnictwo za rzemiosło. Sam je praktykował, nie ograniczając się jedynie do teoretyzowania i prac badawczych. Był jednym z pionierów ekologii niezacietrzewionej. „Wierzę w Park Narodowy w Tatrach, możliwość jego stworzenia bez szkód dla górali i góralszczyzny, bez kolizji z pasterstwem, ku ogólnemu dobru” – pisał.

W listopadzie 1939 r. został aresztowany przez Niemców, wraz z innymi krakowskimi wykładowcami wyższych uczelni, w trakcie tzw. Sonderaktion Krakau. Osadzony w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen zachował tam bardzo godną postawę, wspierając współtowarzyszy niedoli. „Przebył całe więzienie i obóz z gęstą miną, człowiek czynu i praktyk. Miał przed sobą wielkie zadania z zakresu odbudowy i rozbudowy przyszłej Polski, o czym z innymi kolegami chętnie rozprawiał” – wspominał prof. Władysław Konopczyński.

Zmarł 19 lutego 1940 r. w Krakowie, 10 dni po uwolnieniu z lagru. Jego organizm był wycieńczony warunkami obozowymi. Został pochowany w kaplicy grobowej Włodków na cmentarzu parafialnym w Niegowici. Był dobrodziejem tej parafii. Zamierzał przed wojną stawiać tam nową świątynię parafialną. Kupił nawet u architekta Bogdana Tretera jej plan. Wojna przerwała te zamiary. Zrealizowano je dopiero po niej. Rodzina była dlań bardzo ważna.

We wszystkich działaniach wspierała go żona Zofia z Goetzów-Okocimskich (1890–1981), doktor filozofii UJ, tłumaczka dzieł św. Tomasza, działaczka katolicka. Ich dzieci Jan Marian (1924–2012) i Zofia Albina (1925–2018) kontynuowali działalność rodziców. Zostali uczonymi profesorami, byli bardzo pobożni, oddani działalności na rzecz dobra wspólnego. Starali się ocalić pamięć o ojcu i całej rodzinie. Pod koniec życia powołali Fundację im. Zofii i Jana Włodków, która m.in. wspiera badania nad ziemiaństwem polskim oraz finansuje naukę młodzieży.