Kard. Franciszek Macharski zmarł 2 sierpnia 2016 roku, krótko po zakończeniu Światowych Dni Młodzieży w Krakowie, w dzień franciszkańskiego odpustu Porcjunkuli. Kilka dni przed jego odejściem odwiedził go w szpitalu papież Franciszek. "Jestem wdzięczny Opatrzności, że dane mi było nawiedzić go podczas niedawnej wizyty w Krakowie. W tym ostatnim etapie życia był bardzo doświadczony cierpieniem, które znosił z pogodą ducha. Również w tym doświadczeniu pozostał świadkiem zawierzenia dobroci i miłosierdziu Boga. Takim pozostanie w mojej pamięci i modlitwie" - wspominał Ojciec Święty w telegramie przesłanym na wieść o śmierci sędziwego kardynała.

W rocznicę powrotu kard. Franciszka do domu Ojca Mszy św. w jego intencji przewodniczył w katedrze na Wawelu kard. Stanisław Dziwisz. - Długie lata jego pasterzowania w Archidiecezji Krakowskiej głęboko zapisały się w naszej pamięci. Historia zaliczyła go do ważnych postaci, które przez swoją działalność przyczyniły się do zachowania naszej chrześcijańskiej tożsamości i niepodległości ducha narodu - mówił o swoim poprzedniku.

Kard. Macharskiego, któremu bliski był charyzmat franciszkański, wspominał na Facebooku bp Damian Muskus OFM. "Po czterech latach od dnia, gdy Matka Boża Anielska zabrała go do nieba, wciąż bardzo nam brakuje Franciszkowego: Jestem z Wami. Tu i tam Wasz" - napisał, nawiązując do sms-a wysłanego przez kard. Franciszka z Rzymu do krakowian modlących się na Błoniach po śmierci Jana Pawła II.

Bp Muskus wspominał dawnego metropolitę krakowskiego jako człowieka, któremu obca była autopromocja. "Był sobą. To wystarczyło, by nie przechodzić obok niego obojętnie" - podkreślał.

Kard. Franciszek Macharski spoczywa obok kard. Adama Stefana Sapiehy, pod konfesją św. Stanisława w katedrze na Wawelu.