Wyremontowany niedawno po kilkuletnim remoncie konserwatorskim i modernizacji budynek jest główną siedzibą założonego w 1899 r. Muzeum Krakowa.

Dla potrzeb wystawy stałej przeznaczono ok. 1400 metrów kw. powierzchni, dla potrzeb ekspozycji czasowych zaś 1000 metrów kw. Nowa wystawa stała jest nowoczesną w formie opowieścią o przeszłości Krakowa. Pokazano tę przeszłość nie tylko przez pryzmat wielkich wydarzeń i uroczystości, lecz także życia codziennego. Z konieczności musiano wybrać jedynie kilkaset eksponatów z wielotysięcznej kolekcji Muzeum Krakowa. Można zobaczyć m.in. szesnastowiecznego srebrnego kura - symbol Bractwa Kurkowego, zbiór portretów dawnych mieszczan krakowskich, strój Lajkonika zaprojektowany przez Stanisława Wyspiańskiego, szopkę krakowską, osiemnastowieczną ladę kongregacji kupieckiej. Obrazy pokazane na wystawie wyszły m.in. spod pędzla Jana Matejki, Jacka Malczewskiego, Józefa Mehoffera, Wlastimila Hofmana i Wojciecha Weissa.

W zamierzeniu muzealników nowa wystawa stała ma zachęcać nie tylko do poznawania przeszłości miasta, lecz także do refleksji nad jego współczesnością. - Dla nas istotą jest nie tylko to, żeby ktoś wychodząc z tej wystawy miał pewną wiedzę - choć to też. Ale to, by miał przekonanie, iż jest częścią tego miasta, uczestniczy w nim; że to, że on tu dzisiaj tutaj jest, to wynik tego, że ktoś kiedyś tu był i ktoś potem za nami tutaj będzie - mówi dr Michał Niezabitowski, dyrektor Muzeum Krakowa.

W Krzysztoforach funkcjonuje muzealne Centrum Obsługi Zwiedzających, w którym można kupić bilety do wszystkich 21 oddziałów Muzeum Krakowa oraz zamówić usługi przewodników.