Uniwersytet Papieski wywodzi się z Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego, usuniętego w 1954 r. przez władze komunistyczne ze struktur UJ. Nawiązując do źródeł, UPJP2 przypomina więc, że to już 625. rok akademicki studiów teologicznych.

Uroczystość rozpoczęła się Mszą św. w sanktuarium św. Jana Pawła II na Białych Morzach. O zadaniach uniwersytetu mówił kard. Stanisław Dziwisz. - Zadaniem uniwersytetu jest pomóc zrozumieć sekret życia i stać się jego mądrymi posiadaczami. Nie chodzi zatem tylko o wiedzę. Nie chodzi o sprawne, pragmatyczne używanie i posługiwanie się życiem. Na uniwersytecie chodzi o sztukę życia mądrego, o życie pojęte jako dar - powiedział metropolita senior. - Współczesny uniwersytet wezwany jest przez Boga, aby bronić życia. Bronić życia to znaczy wskazywać na jego godność i nienaruszalność od momentu poczęcia aż do naturalnej śmierci - dodał kardynał.

Hierarcha wspomniał, że święty patron Uniwersytetu Papieskiego był wielkim obrońcą życia, a jednocześnie "człowiekiem akademii, wybitnym intelektualistą". - Piękno życia Karola Wojtyły to także piękno jego intelektualnej walki o poznanie prawdy. Współczesny uniwersytet wezwany jest również do obrony tego zasadniczego wymiaru życia, jakim jest prawda. Nie zrobi tego, jeśli tej prawdy nie ukocha - dla niej samej. W obliczu tych, którzy w prawdę nie wierzą, odrzucają ją, spiskują przeciw niej, manipulują nią, lekceważą albo w ogóle po prostu żyją bez niej każdy uniwersytet ma pokazać jej piękno i praktyczną wartość. Uniwersytet kościelny jest do tego zobowiązany jeszcze bardziej - wszak Chrystus, któremu służy, sam siebie nazwał Prawdą - zaznaczył kard. Dziwisz.

Dalsza część uroczystości inauguracyjnych odbyła się w sali konferencyjnej Centrum Jana Pawła II. Rektor uczelni ks. prof. Robert Tyrała przypomniał, że obecnie prowadzi się tu kształcenie na 17 kierunkach, badania naukowe zaś w ramach 7 dyscyplin. Dodał, że w rozpoczętym roku akademickim uczelnia ma 1000 nowych studentów. Ich reprezentanci złożyli ślubowanie.

Wykład inauguracyjny "Jana Pawła II dialogi z kulturą" wygłosił ks. dr Paweł Ptasznik, przewodniczący Rady Administracyjnej Fundacji Jana Pawła II w Rzymie.