Żegnano go wpierw w krakowskim kościele św. Szczepana, świątyni parafii, której był proboszczem w latach 1991-2012. Pogrzebowej Mszy św. przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, który znał dobrze wyświęconego w 1964 r. ks. Waksmańskiego jeszcze z czasów licealnych w Nowym Targu i potem, gdy byli razem wikariuszami w parafii w Makowie Podhalańskim. - Zapamiętałem cię z czasów liceum nowotarskiego jako przykładnego, pobożnego ucznia, a potem gorliwego duszpasterza tak przy ołtarzu, jak i na ambonie - mówił metropolita senior. List do uczestników liturgii pogrzebowej napisał abp Marek Jędraszewski. "Wiadomość o śmierci księdza prałata Andrzeja napełniła mnie smutkiem i wielkim żalem. Z drugiej strony pojawiła się w sercu wdzięczność za posługę, którą pełnił śp. ksiądz prałat w Archidiecezji Krakowskiej" - napisał metropolita krakowski.

Zmarłego kapłana wspominał w kazaniu jego kolega rocznikowy ks. Jan Franczak. - Nauczał nie tylko z ambony, co bardzo pokochał, ale także w parafiach, do których był posłany, wiele czasu poświęcał w salkach katechetycznych - mówił. Zwrócił uwagę na umiłowanie przez Zmarłego posługi w konfesjonale - na emeryturze podjął się dyżuru spowiedniczego w sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach. Zauważył, że ks. Waksmański w ubiegły piątek 16 lutego w Godzinie Miłosierdzia odprawiał Mszę św. Zemdlał po Przeistoczeniu. - Mając władzę, służyłeś nam i jednoczyłeś - mówił ks. Franczak, nawiązując do czasów, gdy ks. Waksmański był proboszczem. To jego staraniem w kościele św. Szczepana ukoronowano cudowny wizerunek Matki Bożej Pocieszenia, a także wprowadzono nabożeństwo fatimskie.

Zmarłego wspominał także przedstawiciel parafian. - Mieliśmy wspaniałego proboszcza. Możemy być Bogu wdzięczni za takiego księdza - mówił. - Dla niego Kościół to zawsze byli ludzie. On kochał ludzi i miał przekonanie, że tak się buduje Kościół - zaczynając od ludzi - dodał.

-  Drogi księże Andrzeju, niech Pan cię przyjmie, niech przyjmie całe twoje życie, niech je oświetli swoim światłem, aby mógł dostrzec piękno i słabość - mówił proboszcz ks. Leszek Garstka, obiecując modlitwę za "grzeszną duszę", jak napisał w swoim testamencie jego poprzednik na urzędzie w kościele św. Szczepana.

Ksiądz Waksmański pracował jako wikariusz w parafiach: Maków Podhalański, Raba Wyżna, Bielsko-Biała, Mszana Dolna, Siersza, Andrychów. W roku 1982 r. został proboszczem w parafii św. Stanisława BM w Andrychowie, a od 1991 r. pełnił ten urząd w parafii św. Szczepana w Krakowie. Był przewodniczącym Komisji ds. Konserwacji Zabytków Architektury i Sztuki Sakralnej i referentem ds. budownictwa sakralnego w Biurze Ekonoma Archidiecezji Krakowskiej.

Pochowano go na cmentarzu parafialnym w rodzinnym Trybszu na Spiszu. Pogrzeb poprzedziła Msza św. w kościele pw. św. Elżbiety Węgierskiej.