Mszy św. przewodniczył abp Marek Jędraszewski. Wśród koncelebrujących był m.in. kard Stanisław Dziwisz. - Najbardziej istotnym dobrym dziełem jego życia było dzieło jego wiary - wspomniał o świętym biskupie metropolita krakowski. Wskazał na cztery filary duchowości świętego. Dwa miały charakter chrystologiczny - cześć do Eucharystii i szczególne nabożeństwo do Najświętszego Serca Pana Jezusa, a dwa maryjny - kult Niepokalanej Dziewicy i Maryi Królowej Polski. Filary chrystologiczny i maryjny były ze sobą głęboko powiązane w jego życiowej dewizie: "Wszystko dla Najświętszego Serca Jezusowego przez Niepokalane Ręce Najświętszej Maryi Panny".

Przypomniał także słowa Jana Pawła II z homilii kanonizacyjnej bp. Pelczara z 18 maja 2003 r.: "Wynosząc do chwały ołtarzy Józefa Sebastiana, modlę się za jego wstawiennictwem, aby blask jego świętości był dla sióstr sercanek, dla Kościoła w Przemyślu i dla wszystkich wierzących w Polsce i na świecie zachętą do takiego [jak on] umiłowania Chrystusa i Jego Matki". - To wezwanie św. Jana Pawła II trwa w naszych serca, w naszej pamięci. I każdego dnia tej niełatwej obecnie polskiej wolności widzimy, jak ten apel nieustannie jest aktualny - zaznaczył abp Jędraszewski.

W czasie liturgii abp Marek Jędraszewski posługiwał się pastorałem i kielichem św. Józefa Sebastiana Pelczara. Kielich został ofiarowany przez świętego Kapitule Krakowskiej 3 lutego 1899 r., a pastorał jest darem, jaki biskup przemyski otrzymał od studentów Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Jagiellońskiego w dniu, w którym żegnał się z uczelnią.

Siostry sercanki, jako wyraz wdzięczności zgromadzenia, ofiarowały do katedry ozdobny ornat z wizerunkiem swego założyciela.

Związki świętego  z Krakowem były wieloletnie. Od 1877 roku przez 22 lata był wykładowcą na Wydziale Teologicznym. Był również dziekanem tego wydziału, zaś w latach 1882-1883 rektorem uczelni. Świadectwem docenienia jego zasług dla Kościoła krakowskiego było m.in. wybranie go kanonikiem Kapituły Krakowskiej. W mieście u stóp Wawelu ks. prof. Pelczar założył w 1894 r. zgromadzenie sióstr sercanek, którego celem miało być "szerzenie Królestwa miłości Serca Jezusowego".