Jan A.P. Kaczmarek chciał być dyplomatą, studiował prawo. Ale muzyka, wśród której się wychował (dziadek był skrzypkiem grającym do filmów w kinie), upomniała się o niego. Po stażu w teatrze Grotowskiego, który wywarł na niego duży wpływ, wylądował w poznańskim Teatrze Ósmego Dnia, w którym stworzył i prowadził Orkiestrę Ósmego Dnia. Jego kariera nabrała impetu po wyjeździe do Stanów Zjednoczonych, gdzie znalazła ukoronowanie w zdobyciu przez Kaczmarka Nagrody Akademii, czyli Oscara, w 2005 r. za muzykę do filmu "Marzyciel". Nie stracił kontaktu z Polską i polską kulturą, komponował muzykę filmową, m.in. do filmu "Quo vadis", utwory okolicznościowe, jak "Kantata o wolności" na 25. rocznicę powstania Solidarności czy utwór "Universa - Opera Otwarta" na 650-lecie Uniwersytetu Jagiellońskiego, i wiele innych.

Pogrzeb kompozytowa rozpoczął się Mszą św. w kościele Świętych Piotra i Pawła, której przewodniczył proboszcz parafii ks. Jan Machniak. Nie zabrakło muzyki w wykonaniu Capelli Cracoviensis, która zagrała m.in. ulubiony utwór kompozytora "Nella Fantasia" z filmu "Misja" w reżyserii Rolanda Joffe.

Podczas uroczystości w świątyni przedstawiciel prezydenta RP Piotr Serafin odczytał list od niego. Andrzej Duda zwrócił uwagę na heroizm i nieustępliwość Jana A.P. Kaczmarka w walce z chorobą, z którą zmagał się od lat.

Artystę w imieniu środowisk twórczych pożegnał na cmentarzu dyrektor Narodowego Centrum Kultury Robert Piaskowski. Określił muzyka "bezkompromisowym idealistą", "człowiekiem pewnym swoich wizji", "asertywnym", a zarazem przynoszącym "ciepły wiatr" z każdym swoim pojawieniem się. - Kiedy wchodził do sali, skupiał na sobie całą uwagę. Kiedy mówił, wszyscy go słuchali - powiedział dyrektor NCK.

Hanna Wróblewska, szefowa Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, powiedziała: - Żegnamy cenionego kompozytora muzyki teatralnej i filmowej, którego twórczość stała się bliska sercu wielu pokoleń. Żegnamy człowieka wrażliwego i zaangażowanego, którego etos i postawa były zawsze godne naśladowania.

W przemówieniach nad trumną wiele było osobistych akcentów, przede wszystkim w wystąpieniu wdowy Aleksandry Twardowskiej-Kaczmarek, która - dziękując ludziom, pomagającym jej w opiece nad chorym muzykiem - wspominała różne sytuacje z długiego okresu choroby i wielki udział medyków i przyjaciół w zmaganiach artysty z nieuleczalną chorobą.

Pogrzeb miał charakter państwowy, z udziałem Kompanii Honorowej i Orkiestry Wojska Polskiego.