Podczas Mszy św. w kolegiacie św. Anny, w trakcie której homilię wygłosił ordynariusz bielsko-żywiecki bp Tadeusz Rakoczy, poświęcony został nowy sztandar Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II. Potem władze, wykładowcy, pracownicy oraz studenci krakowskiej uczelni zebrali się w sali filharmonii.

– Ta chwila jest wyjątkowa dla nas wszystkich. Uroczyście rozpoczyna się nowy rok akademicki, który otwiera przed nami nowe szanse, wyzwania i możliwości. Życzę każdemu i każdej z was, abyśmy z tych warunków i możliwości korzystali w sposób właściwy i zarazem twórczy – mówił rektor UPJPII ks. prof. Władysław Zuziak. – Jako Uniwersytet Papieski podejmijmy i rozwijajmy dziedzictwo intelektualne bł. Jana Pawła II – zachęcał.

W swoim przemówieniu przypomniał najważniejsze wydarzenia poprzedniego roku akademickiego, jak choćby przyznanie uniwersytetowi nagrody "Kuźnia Kadr" za największe postępy w kształceniu kadr naukowych. Dużo uwagi poświęcił także nowemu budynkowi uniwersytetu przy ul. Bernardyńskiej 3. Jak podkreślił, możliwość wynajęcia sal, w których poprzednio mieściło się seminarium duchowne diecezji sosnowieckiej, rozwiązała większość problemów lokalowych, z jakimi borykała się papieska uczelnia.

Na zakończenie rektor Uniwersytetu Papieskiego przypomniał słowa jego patrona, bł. Jana Pawła II z przemówienia do ludzi nauki i kultury wygłoszonego w 1980 roku w siedzibie UNESCO: „Wszyscy razem jesteście ogromną potęgą umysłów i sumień. Okażcie się potężniejsi od najpotężniejszych w naszym współczesnym świecie”.

W uroczystym rozpoczęciu roku akademickiego wziął także udział metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz. – Zadaniem każdego uniwersytetu, także Uniwersytetu Papieskiego, jest szukanie prawdy i dzielenie się prawdą – mówił hierarcha. – Dzisiejszemu Kościołowi i światu potrzebna jest posługa myślenia, potrzebne jest zdobywanie prawdy o Bogu i o człowieku – podkreślał.

– Uniwersytet pełni rolę służebną wobec społeczeństwa. Nie może ograniczać swojej działalności do bibliotek, laboratoriów i sal wykładowych. Szczególnym powołaniem ludzi tworzących uniwersytet jest dawanie świadectwa. Ono jest potrzebne w naszym świecie, w którym człowiek często czuje się zagubiony, rozproszony i zniewolony – zachęcał metropolita.

W czasie uroczystości wręczono także nagrody rektora dla pracowników dydaktycznych i administracyjnych oraz za najlepsze prace doktorskie, magisterskie i licencjackie. Przedstawiciele studentów I roku złożyli ślubowanie oraz odebrali indeksy.

Wykład inauguracyjny zatytułowany „Etyka a polityka” wygłosił abp Jean-Louis Bruguès, Archiwista i Bibliotekarz Świętego Kościoła Rzymskiego. Wcześniej pełnił on funkcję sekretarza watykańskiej Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej. Jego podpis (obok podpisu kard. Zenona Grocholewskiego) widnieje m.in. pod dekretem podnoszącym Papieską Akademię Teologiczną w Krakowie do godności Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II.