Twórcą powstałej w 1989 r. organizacji był Włodzimierz Mokry, wówczas doktor, ukrainista z Uniwersytetu Jagiellońskiego. Na jej utworzenie przeznaczył pieniądze z otrzymanej w 1987 r. Nagrody Fundacji Jana Pawła II. A dostał ją za osiągnięcia naukowe ukazujące chrześcijańskie korzenie kultury ukraińskiej oraz za działalność na rzecz porozumienia polsko-ukraińskiego. – Mieliśmy wówczas dużo entuzjazmu. Wzmacniała go jeszcze odważna decyzja życzliwego nam kard. Franciszka Macharskiego, który wydzierżawił budynek przy ul. Kanoniczej 15 – wspomina początki działania fundacji prof. Mokry.