Choć ołtarze będą się różniły rozmiarami, wykonane zostaną według jednego pomysłu. Każdy będzie się składał z kilku poziomów. Najwyżej będą umieszczone ołtarz oraz ambona, nad nimi znajdzie się wsparty na czterech słupach baldachim. – To będzie prezbiterium kościoła bez ścian – mówił podczas prezentacji projektu Stanisław Niemczyk, architekt, autor ołtarzy. Stopnie bezpośrednio przed ołtarzem zostaną wykorzystane m.in. do inscenizacji. Tę część ozdobią elementy graficzne w postaci promieni miłosierdzia. Wiodącymi kolorami będą biel oraz kolory ŚDM Kraków 2016, znajdujące się w logo. W obu ołtarzach znajdą się także wizerunek Jezusa Miłosiernego oraz krzyż.