Jak informuje, zakładając fundację w 1981 r., Jan Paweł II postanowił, że po jego śmierci instytucją będą kierowali kolejni arcybiskupi krakowscy. Do tej pory funkcję tę sprawował kard. Stanisław Dziwisz.

Ks. Dobrzyński przypomina, że abp Jędraszewski, choć nie należał do grona współpracowników Jana Pawła II, to duchowo i intelektualnie formował się przez przykład i nauczanie Ojca Świętego.

"Kard. Zenon Grocholewski określił abp. Marka »entuzjastą nauczania Jana Pawła II«, czemu dawał on wyraz w duszpasterzowaniu i w licznych publikacjach. Jestem przekonany, że abp Jędraszewski wniesie w działalność Fundacji nowe spojrzenie, pomoże dostrzec nowe formy promowania dziedzictwa pontyfikatu, tym bardziej, że zna katolickie środowiska wielu krajów. Dla posługi metropolity krakowskiego więź z Fundacją może stanowić dobrą platformę łączności z Polonią. Sprawa kształcenia młodzieży z krajów Europy Wschodniej, czemu służy program stypendialny Fundacji, na pewno będzie bliska nowemu metropolicie, który współtworzył akademickie środowisko Poznania" - pisze na internetowej stronie fundacji ks. Andrzej Dobrzyński.

W ramach Fundacji Jana Pawła II działają: Ośrodek Dokumentacji i Studium Pontyfikatu (jego pracami kieruje ks. Andrzej Dobrzyński), Dom Polski Jana Pawła II w Rzymie, przeznaczony dla stypendystów Dom Fundacji Jana Pawła II w Lublinie oraz 48 Stowarzyszeń Przyjaciół Fundacji, działających w 17 krajach świata.