W obozach zginęło 15 ze 183 aresztowanych. Choć większość z nich została później zwolniona, wielu zmarło wkrótce potem. Ich nazwiska odczytano dziś w czasie Apelu Pamięci w auli Collegium Novum UJ. Odczytano także nazwiska innych zmarłych w czasie wojny i po wojnie członków uniwersyteckiej profesury.

W wystąpieniu rektor Wojciech Nowak mówił o ciągłości tradycji, którą tym brutalnym posunięciem usiłowali przerwać niemieccy okupanci, a także o tym, że tej ciągłości, mimo terroru i zastraszenia, przerwać nie zdołali. Nawiązał do tajnego nauczania, które trwało przez całą okupację, mimo że śmierć groziła zarówno nauczycielom, jak i uczniom.

Fragment wiersza Norwida "Niewola" wyrecytowała Dorota Segda, skądinąd rektor sąsiedniej uczelni – Akademii Teatralnej im. Wyspiańskiego. Na zakończenie złożono wieńce i wiązanki kwiatów pod tablicami upamiętniającymi ofiary Sonderaktion w Collegium Novum oraz pod Dębem Wolności na skwerze przed budynkiem.

Wcześniej składano także kwiaty i modlono się na grobach profesorskich na cmentarzach na Rakowicach i Salwatorze, m.in. przy odnowionych mogiłach wybitnych prawników Edmunda Krzymuskiego i Władysława Leopolda Jaworskiego.

W 78. rocznicę nie żyje już żadna z ofiar Sonderaktion Krakau. Jako ostatni zmarł w 2008 r., w wieku 98 lat, prof. Józef Wolski, historyk.