Budowa czteroskrzydłowych krużganków została zakończona w pierwszej połowie XV wieku. Znalazły się tu z czasem m.in. cenne galerie portretów biskupów krakowskich (najstarsze namalowano na ścianach, młodsze na deskach), średniowieczne malowidła religijne, wśród których znalazło się także przedstawienie Chrystusa w „tłoczni mistycznej” i św. Franciszka otrzymującego stygmaty. Są także liczne epitafia upamiętniające wybitne postacie życia religijnego i świeckiego. Obecnie zachowały się jedynie trzy skrzydła krużganków, gdyż północne zostało zamienione na kaplicę Matki Bożej Bolesnej.