Urodził się w rodzinie tradycyjnej, wierzącej i praktykującej Dziesięcioro przykazań na co dzień. Z tego wypływały późniejsze postawy profesora – przypomina prof. Marian Wolski, historyk z Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II, przewodniczący Rady Fundacji im. Zofii i Jana Włodków, współorganizującej wraz z Uniwersytetem Rolniczym i krakowskim oddziałem Instytutu Pamięci Narodowej rocznicową konferencję naukową przypominającą postać J.Z. Włodka. Jego przodkowie, o czym przypomniał dr Bartosz Drzewiecki z Uniwersytetu Pedagogicznego w Krakowie, dobrze gospodarowali w swoich majątkach, pełnili także odpowiedzialne funkcje społeczne i polityczne. Pradziadek był burmistrzem Wieliczki, dziadek i ojciec zaś – marszałkami powiatu bocheńskiego i posłami do austriackiej Rady Państwa.