Tu studiował na Uniwersytecie Jagiellońskim, tu 18 czerwca 1931 r. został wyświęcony w katedrze wawelskiej na kapłana, a potem pracował w Rabce i Suchej Beskidzkiej, nim latem 1936 r. wyjechał pracować do wołyńskiego Łucka, co określiło jego dalszą drogę duszpasterską, w tym powojenną działalność w sowieckim Kazachstanie. „Kraków i Uniwersytet Jagielloński dał mi cześć i umiłowanie tradycji dzisiejszej tego, co w niej jest wielkie i wzniosłe. Lecz równocześnie Kraków i Uniwersytet Jagielloński dał mi zrozumienie i umiłowanie wolności, i to wolności wszechstronnej, nie tylko wolności politycznej, społecznej czy ekonomicznej, lecz nade wszystko wolności sumienia i wolności przekonań. To, co ja wyniosłem z Krakowa, zawsze mi pomagało tam, na jakże dalekim od Krakowa Wschodzie. Tam, gdzie długie lata spędzałem za kratami więzień i za drutami kolczastymi obozów pracy przymusowej. Wszędzie tam, co wyniosłem z Krakowa, pomagało zachować godność osobistą i kapłańską. Pomagało mi uszanować własne poglądy, ale też i cudze poglądy, jeśli one w ogóle były. Zdaje się, że nie dałem się nigdy zatruć nienawiścią i że miłość nieprzyjaciół nie była samą tylko piękną teorią w mym życiu na Wschodzie” – wspominał po latach ks. Bukowiński.