Pod Wawelem przyszły biskup przemyski dał się poznać jako świetny organizator, człowiek głębokiej duchowości i szerokich horyzontów intelektualnych, mistrz zarządzania czasem i wrażliwy społecznik. Od czasu reorganizacji Uniwersytetu Jagiellońskiego w 1877 r. pracował tam przez 22 lata. Pełnił obowiązki profesora i dziekana Wydziału Teologicznego, a w latach 1882–1883 był rektorem krakowskiej uczelni.

W 1891 r. zainicjował działalność Bractwa NMP Królowej Korony Polskiej, które – oprócz celów religijnych – za zadanie stawiało sobie opiekę nad rzemieślnikami, biednymi, sierotami i sługami, zwłaszcza chorymi i pozbawionymi pracy. W 1894 r. założył w Krakowie Zgromadzenie Służebnic Najświętszego Serca Jezusowego. Siostry miały być – jak wskazywał – „znakiem i narzędziem miłości wobec dziewcząt, chorych i wszystkich ludzi potrzebujących pomocy”.

Ksiądz Pelczar jako profesor UJ był bardzo ceniony i lubiany. „Na katedrze, która mu przypadła w udziale, nie inaczej pojmował swe zadanie, jak tylko w duchu szerokiego apostolstwa. W przedmiot naukowy wykładu umiał wlać tyle umiłowania ideałów Bożych i zarazem życiowego podejścia, że oderwana i martwa teoria ożywała na jego godzinach” – wspominał jeden z jego uczniów.

Uniwersytet zawdzięcza profesorowi z Podkarpacia odnowę podupadającego Wydziału Teologicznego. Pamiątką jego 20-letniej działalności w Krakowie jest gmach Collegium Novum UJ, ale też ulica Kopernika, gdzie później wybudowano uniwersyteckie kliniki. Przy ul. Garncarskiej znajduje się natomiast dom generalny zgromadzenia sióstr sercanek.

Mimo wielu obowiązków J.S. Pelczar nie zaniedbywał posługi spowiednika i kaznodziei, angażował się społecznie, kierując bractwami i stowarzyszeniami charytatywnymi, organizując pomoc dla ubogich. Jako prezes Towarzystwa Szkoły Ludowej otworzył 600 czytelni i bibliotek, rozpowszechnił kilkadziesiąt tysięcy książek, inicjował kursy dla rzemieślników, szkołę dla służących, obchody narodowych świąt, publikację pism. Przyczynił się do powstania przytuliska dla dziewcząt, angażował się w działalność Towarzystwa św. Wincentego a Paulo oraz Kuchni s. Samueli, w której żywili się studenci pochodzący z ubogich rodzin.

– To, co może dzisiaj szczególnie fascynować w osobie świętego biskupa Pelczara, to niezwykłe połączenie pracy intelektualnej, porywającej ku szczytom mistyki, z konkretną działalnością na rzecz najbardziej potrzebujących, która była wyraźnym dowodem jego mocnego stąpania po ziemi. Józef Sebastian Pelczar może nam – zabieganym ludziom XXI wieku – wiele powiedzieć, jak we współczesnych czasach żyć między ziemią a niebem – uważa krakowska sercanka s. Faustiana Konik.

W stolicy Małopolski przyszły święty przebywał aż do 1899 r., kiedy został mianowany biskupem pomocniczym w Przemyślu.

Rok 2024 upłynie pod znakiem 100. rocznicy śmierci założyciela zgromadzenia sercanek. 28 marca – czyli w dzień jego odejścia – przypada jednak Wielki Czwartek, dlatego obchody zostały zaplanowane w innym czasie. W liturgiczną uroczystość św. Józefa Sebastiana Pelczara 19 stycznia Msze św. w kościele Najświętszego Serca Pana Jezusa przy ul. Garncarskiej odprawią biskupi Janusz Mastalski i Jan Kopiec. Uroczystości odbędą się również 10 marca w katedrze na Wawelu. Będzie im przewodniczył abp Marek Jędraszewski.

Na stronie internetowej: sercanki.org.pl oraz w mediach społecznościowych zgromadzenia każdego dnia zamieszczane są myśli świętego, nawiązujące do intencji modlitewnych sióstr sercanek, obejmujących Kościół, powołania, rodziny, wspólnoty, ojczyznę, a także przybliżające refleksje biblijne i teologiczne profesora i biskupa. Zwieńczeniem jubileuszu będą kwietniowe uroczystości w Przemyślu.