Sylwetkę zmarłego kardynała przedstawił na tle powołania chrześcijańskiego głoszący kazanie abp Józef Michalik.

- Całe chrześcijańskie powołanie jest wezwaniem do uwielbienia Boga i miłości bliźniego. Rodzi wiele pytań, lecz w szukaniu odpowiedzi na nie człowiek nie pozostaje sam. Odpowiedzią są śmierć i zmartwychwstanie Jezusa. Śmierć otwiera nowy etap życia każdego człowieka. Teraz obserwujemy nowy etap życia bł. Jana Pawła II. Dziś widzimy, jak w to nowe życie wchodzi przyjaciel Jana Pawła II kard. Nagy. Przyjaźń Jana Pawła II z kard. Nagym była zaś bardzo głęboka, była papieżowi potrzebna, gdyż jego pontyfikat byłby bez niej uboższy - powiedział metropolita przemyski.

Po Mszy św. i odprawieniu modlitw pożegnalnych trumna z ciałem kard. Stanisława Nagy'ego, w asyście rodziny zmarłego oraz kardynałów Dziwisza i Macharskiego, którzy rzucili nań garść ziemi ojczystej, została złożona na wieczny spoczynek w sarkofagu umieszczonym w krypcie dolnej części Sanktuarium bł. Jana Pawła II. Sarkofag wykonano z jednej bryły wapienia bułgarskiego według projektu architekta Andrzeja Milewskiego. Stoi obok sarkofagu z trumną zmarłego w 2011 r. kard. Andrzeja Deskura oraz płyty, która przykrywała pierwotny grób Jana Pawła II w podziemiach bazyliki św. Piotra w Rzymie.