Najpierw nastąpiło uroczyste wprowadzenie trumny do katedry wawelskiej, a potem odmówiono nieszpory kapitulne i modlitwę różańcową. Na początku Mszy św. żałobnej odczytano telegram Sekretariatu Stanu Stolicy Apostolskiej. "Jego Świątobliwość łączy się duchowo ze wszystkimi uczestnikami liturgii pogrzebowej, dziękując Bogu za gorliwą pasterską służbę śp. biskupa Jana, którą podejmował dla dobra Kościoła" - napisał w nim kard. Pietro Parolin.

Przeczytano też list przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski. "Zawierzamy ks. biskupa Jana Szkodonia Bożemu miłosierdziu. Bogu, który jest naszą jedyną nadzieją" - napisał abp Tadeusz Wojda. Życiorys zmarłego przypomniał metropolita krakowski abp Marek Jędraszewski.

Homilię wygłosił ks. prof. Jacek Urban, dziekan kapituły katedralnej na Wawelu. Zauważył, że dla wielu rok jubileuszowy stał się ostatnim w ich doczesnym życiu - dla papieża Franciszka, prymasa Józefa, jak i dla biskupa Jana. Nawiązując do jego życiorysu, mówił też, że zmarły był "pracowity, pobożny i gotowy do każdej posługi. Niewymawiający się zmęczeniem. Bardzo kapłański. Wchodzący w dialog z każdym napotkanym człowiekiem" - ocenił.

Kapłan przypomniał, że bp Szkodoń został w mediach oskarżony, ale odrzucił oskarżenie, jednocześnie poddając się woli przełożonych i usuwając w cień. - W lipcu 2021 r. nuncjatura ogłosiła, że wina bp. Jana nie została udowodniona. Kilka miesięcy później osiągnął wiek 75 lat i został seniorem. Pozostał w odosobnieniu. Podjął drogę życia ukrytego. W testamencie napisał, że był to dla niego czas doświadczenia - wspominał.

Następnie ks. prof. Urban podziękował zmarłemu m.in. za tysiące konferencji w seminarium, za to, że widziała go każda parafia archidiecezji krakowskiej, za tysiąc sobotnio-niedzielnych rozważań w radiu Alex dla Podhala, za pracę w Wydziale Duszpasterstwa Rodzin i Młodzieży, za homilie przy trzecim ołtarzu procesji Bożego Ciała oraz za jego książki, poezję pisaną białym wierszem i malowane obrazy, w których wyrażał miłość do rodzinnej Orawy.

Ks. prof. Urban podkreślił również, że bp Szkodoń był adresatem słowa Bożego i stał się jego zwiastunem. - Dbał, by przygotować glebę na słowo, aby stało się Ciałem i zamieszkało między nami. Głosił słowo, łamał chleb, służył. Zgromadzeni przy jego trumnie, jako pielgrzymi nadziei, którą jest sam Bóg, z ufnością powtarzamy słowa hymnu Roku Świętego i odnosimy do biskupa Jana: "Podnieś oczy, ruszaj z wiatrem w przyszłość. Patrz na Syna, co się stał człowiekiem". Niech Cię przyjmie Matka, której już w młodości życie swe ofiarowałeś. Amen - zakończył duchowny.

Jan Szkodoń urodził się 19 grudnia 1946 r. w Chyżnem na Orawie. Po maturze, którą zdał w 1964 r., wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej. Święcenia kapłańskie z rąk ówczesnego metropolity krakowskiego kard. Karola Wojtyły przyjął w Jabłonce 22 marca 1970 r. 14 maja 1988 r. papież Jan Paweł II mianował ks. Szkodonia biskupem pomocniczym archidiecezji krakowskiej ze stolicą tytularną Turrisblanda. Święcenia biskupie przyjął w katedrze na Wawelu 4 czerwca 1988 r. 10 marca 2022 r. papież Franciszek przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa w związku z osiągnięciem wieku emerytalnego. Zmarł 28 sierpnia, w 56. roku kapłaństwa.

Msza św. pogrzebowa bp. Szkodonia, zgodnie z jego wolą, będzie sprawowana w kościele parafialnym pw. św. Anny w Chyżnem w środę 3 września o godz. 12 (wprowadzenie trumny i czuwanie modlitewne od godz. 11), a po niej nastąpią obrzędy pogrzebu na tamtejszym cmentarzu.