Wcześniej wierni z siostrami zakonnym modlili się za osoby konsekrowane. W modlitewnym nastroju pozostawił wszystkich gitarzysta Jan Oberbek, który zadedykował ojcu Beyzymowi swój koncert.

„Panie, wołałem ku Tobie, A Tyś mnie wsparł w mej chorobie, Dodałeś mi Swej pomocy, żem wiecznej nie ujrzał nocy” - śpiewał na początek chór złożony z młodzieży i samych jezuitów. Uroczystości zgromadziły czcicieli bł. Jana Beyzyma w bazylice oo. jezuitów w Krakowie.

Relikwie człowieka, który - jak mówił o. Wojciech Ziółek - ukochał do końca, znajdują się właśnie tam. - Jego serce biło rytmem serca Boga - powiedział kaznodzieja. I przytoczył słowa samego bł. Jana Beyzyma. Pisał on do ojca generała, że jest rozpalony pragnieniem leczenia trędowatych.

„Wiem bardzo dobrze, co to jest trąd. To wszystko jednak mnie nie odstrasza, lecz pociąga”, wyznał w liście. W 1888 roku był już na Madagaskarze.

- Jego pierwotny entuzjazm spotyka się z konkretnym doświadczeniem trudu - opowiadał o. Ziółek, wymieniając febrę, pchły, brak pieniędzy, głód, samotność, tęsknotę za krajem i brak cierpliwości wielkiego jezuity.

Opisał on później siebie jako „nowicjusza, który nie nauczył się znosić przeciwności”. Ostatecznie wszystko zawierzył Bogu, aby być ze swoimi „czarnymi pisklętami”. Tak właśnie nazywał podopiecznych, którzy pozbawieni opieki jak pisklęta, kłębili się wokół niego. Był dla nich, jak opowiadał dalej prowincjał jezuitów, i księdzem, i lekarzem, i kucharzem.

- Czego nas uczy? Przede wszystkim tego, że warto się trudzić wtedy szczególnie, kiedy jest źle - stwierdził, dodając na koniec. - Czy nie chciałbyś mieć takiej miłości, aby oddać się wszystkim, by uratować garstkę?

Młodzież jezuicka odnowiła swoje przyrzeczenia na nowy rok akademicki. Po Mszy Świętej można było także ucałować relikwie bł. Jana Beyzyma. W końcu zabrzmiało „Ave Maria” Cacciniego w niespotykanym, bo gitarowym wykonaniu.

 „Gitara musi być instrumentem liturgicznym”, miał powiedzieć po jednym z koncertów Jan Oberbek, muzyk, założyciel pierwszej w Polsce klasy lutni, twórca festiwali muzycznych. Specjalnie dla błogosławionego jezuity skomponował i zagrał „Passacaglię pamięci bł. Jana Beyzyma”.

Ci, którzy o nim pamiętają, modlą się o jego kanonizację. Obrazek z modlitwą można znaleźć w bazylice przy Kopernika, a także w bazylice Mariackiej.

Jana Beyzyma beatyfikował bł. Jan Paweł II w czasie swojej ostatniej pielgrzymki do Polski.