Komisja została powołana przez Społeczny Komitet Odnowy Zabytków Krakowa w odpowiedzi na uwagi Andrzeja Nowakowskiego, autora albumu „Blask. Ołtarz Mariacki Wita Stwosza” oraz informacje prasowe o złym stanie zabytku. W skład pracującej w 9 zespołach komisji weszli specjaliści z Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie i Warszawie, Politechniki Krakowskiej, Wojskowej Akademii Technicznej w Warszawie, Grupy Badawczej Ochrony Dziedzictwa Kultury Polskiej Akademii Nauk w Krakowie oraz Uniwersytetu Rolniczego w Krakowie.

Badania przeprowadzone zostały w połowie maja bieżącego roku i trwały 5 dni. Wykonano między innymi analizę składu pierwiastkowego kurzu i zabrudzeń, badanie endoskopowe stanu zachowania drewna, badanie mikroklimatu, rozeznanie stanu zachowania konstrukcji nośnej, badania termograficzne, mikrobiologiczne i mykologiczne.

Ustalono, że stan ołtarza nie jest katastrofalny, wymaga jednak dalszych badań i konserwacji, takich, jak usunięcie jednego aktywnego żerowiska owadów.

„Obecne uszkodzenia i przetarcia powłoki złoceń ściśle pokrywają się ze stanem zachowania z 1983 i 1999 roku” – napisali w raporcie eksperci. Nie stwierdzili oni również nowych ubytków w formie rzeźbiarskiej. Podkreślili jednak, że nieznaczne nowe ubytki świadczą o tym, że degradacja postępuje. Ich zdaniem, obecny dobry stan ołtarza to zasługa przede wszystkim retuszu i oczyszczenia zabytku, którego w 1999 roku dokonał prof. Marian Paciorek.

Według zaleceń komisji, konieczne są dalsze badania i prace konserwatorskie. W odpowiedzi na przedstawiony raport ks. dr Dariusz Raś, archiprezbiter bazyliki Mariackiej, złożył wniosek do SKOZK o przyznanie w 2013 roku dotacji z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Zabytków Krakowa. Miałaby ona objąć przede wszystkim stworzenie systemu monitoringu mikroklimatu w bazylice, inwentaryzację ołtarza oraz opracowanie historyczno-konserwatorskie, uwzględniające materiały archiwalne. Archiwa mają zostać w tym celu zdigitalizowane.