Zmarł 12 marca wieczorem, w krakowskim szpitalu im. Narutowicza. Od 1958 r. miejscem jego zamieszkania i pracy był Kraków, choć urodził się 30 kwietnia 1930 r. w Grodnie. Przez kilkadziesiąt lat był redaktorem i publicystą „Tygodnika Powszechnego”, członkiem zespołu katolickiego miesięcznika „Znak”.

W „Tygodniku” pisywał m.in. felietony pod pseudonimem „Spodek”, reportaże, rozpisywał ważne ankiety, po 1978 r. zaś publikował cenione reportaże z pielgrzymek Jana Pawła II. Jego zagraniczni koledzy dziennikarze zwali go po prostu „Marek z Krakowa”. Pisał również poezje, powieści, książki wspomnieniowe m.in. „Czas ucieka, wieczność czeka”, „Mój Miłosz”, „Namiot Ojca Świętego”.

Był także autorem modlitewników. Mało kto wie, że teksty psalmów responsoryjnych śpiewanych w naszych świątyniach zostały poetycko opracowane na podstawie filologicznego przekładu benedyktynów tynieckich właśnie przez Skwarnickiego.

Bardzo ważnym człowiekiem dla Skwarnickiego był Jan Paweł II. Poświęcił mu kilka książek – od reportaży, przez biografie, aż po poetyckie pośmiertne „Requiem”.

Papież darzył go sympatią i zaufaniem, o czym świadczą listy prywatne Jana Pawła II do Skwarnickiego, opublikowane w tomie „Pozdrawiam i błogosławię” (2005). W 1978 r. prosił Skwarnickiego i Jerzego Turowicza o przygotowanie do druku swoich wierszy i dramatów. Zezwolił mu także na opracowanie do publikacji swoich wierszy młodzieńczych („Renesansowy psałterz”).

To Skwarnickiego radził się wreszcie przed wydaniem w 2003 r. poetyckiego „Tryptyku rzymskiego”. – Kiedy w 2003 r. wręczaliśmy papieżowi wydane przez „Białego Kruka” jego „Poezje zebrane”, nakreślił mi na jednym z egzemplarzy odręczną dedykację: „Dla Pana Marka Skwarnickiego, któremu zawdzięczamy »Tryptyk rzymski«, z serdecznymi życzeniami zdrowia i błogosławieństwa Bożego – dla obojga z Zosią i całą rodziną” – wspominał Skwarnicki. Wspomniana w dedykacji żona Zofia i trójka dzieci byli mu oparciem przez całe życie.

– Pan Bóg dał mu dwa talenty i dwie możliwości: bycie poetą i działanie w Kościele – powiedział znający dobrze Skwarnickiego Leszek Wołosiuk, krakowski eseista.

Marek Skwarnicki działał aktywnie w międzynarodowym ruchu katolików świeckich „Pax Romana”, w latach 1977–1984 był członkiem Papieskiej Rady ds. Laikatu, w latach 80. i 90. ub. wiekku zaś członkiem Rady Duszpasterskiej Archidiecezji Krakowskiej.

Był również stałym gościem i przyjacielem krakowskiej redakcji GN.