Zwykle jako pierwszy pielgrzym rejestruje się ojciec święty – krakowscy organizatorzy mają nadzieję, że tak będzie i tym razem. Potem swoje dane będą mogli wpisywać wszyscy pozostali uczestnicy. Rejestracja odbywać się będzie online, poprzez wypełnienie specjalnego formularza rejestracyjnego na stronie: www.krakow2016.com. Dostępny on będzie w pięciu językach: polskim, angielskim, włoskim, francuskim i hiszpańskim. Z tej samej strony rejestracyjnej skorzystają pielgrzymi z całego świata, uczestnicy Festiwalu Młodych, biskupi, a także wolontariusze. Ci ostatni będą mieli przy rejestracji najwięcej pracy, ponieważ Komitet Organizacyjny musi m.in. dobrać dla nich zakres obowiązków (dlatego każdy wolontariusz będzie deklarował, jakie języki obce zna i czym chciałby się w czasie Światowych Dni Młodzieży zajmować), a także przygotować dla każdego odpowiednie koszulki (muszą więc znać ich rozmiar).