Tu studiował, tu wykładał, tu komponował i pisał w swym mieszkaniu na os. Kolorowym.

Urodzony we Lwowie, od 1949 r. przebywał w Krakowie, studiując u Artura Malawskiego w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej kompozycję, zaś u prof. Zdzisława Jachimeckiego na Uniwersytecie Jagiellońskim muzykologię.

Od czasów studenckich pociągała go awangarda zarówno w muzyce, jak i w teatrze. Nie tylko sam komponował utwory nowoczesne w formie, w tym elektroniczne - "od utworów solowych aż po mega-symfonie i opery", jak wspominał, lecz był także teoretykiem i popularyzatorem nowych form, których uczył się m.in. u słynnego włoskiego kompozytora Luigiego Nono. Nic dziwnego, że Stefan Kisielewski, kompozytor i publicysta muzyczny, nazwał go "ojcem nowej muzyki polskiej". W 1999 r. wyznał, że jego celem jest "tworzenie za pomocą nowych i najnowszych środków estetycznie doniosłej muzyki".

Napisał ponad 500 utworów muzycznych. Był jednak twórcą wszechstronnym, przekraczającym granice sztuki. Prócz komponowania zajmował się m.in. także czynnie pisarstwem muzykologicznym i filozoficznym, tworzeniem dramatów teatralnych i grafik.

Początkowo wykładał muzykologię na Uniwersytecie Jagiellońskim, by potem od 1963 r. przez 35 lat prowadzić klasę kompozycji w krakowskiej Akademii Muzycznej. Pracował także w Polskim Radio i Polskim Wydawnictwie Muzycznym, współredagował "Ruch Muzyczny", współpracował ze Studiem Form Eksperymentalnych Polskiego Radia, wykładał kompozycję w austriackim Salzburgu.  Był członkiem awangardowej Grupy Krakowskiej, jego utwory wykonywał także podwawelski Zespół MW2.

Bardzo ważny był dla niego teatr. Pisał muzykę m.in. do spektakli Józefa Szajny oraz tworzył dramaty, próbujące przenieść na grunt teatralny reguły kompozycji muzycznych. Niektóre ze swych sztuk sam reżyserował. Największe uznanie i popularność zdobyły "Scenariusz dla nieistniejącego, lecz możliwego aktora instrumentalnego" (1963), gdzie przez 40 lat główną, jedyną rolę kreował Jan Peszek oraz "Kwartet dla czterech aktorów" (1966). Słynnymi wykonawcami tej ostatniej sztuki byli: Andrzej Grabowski, Mikołaj Grabowski, Jan Frycz i Jan Peszek. "Bogusław Schaeffer uformował mnie jako aktora, nastroił jak instrument" - wspominał J. Peszek.

Pod Wawelem honorowano go wielokrotnie m.in. Nagrodą Miasta Krakowa (1977), Odznaką „Honoris Gratia” (2007), specjalną sesją naukową na Uniwersytecie Jagiellońskim (1999) oraz koncertem jubileuszowym w Filharmonii Krakowskiej z okazji 90. rocznicy urodzin (czerwiec 2019).