Dyrektorem oddziału został mianowany 15 września 2000 r. Janusz Kurtyka. – Wtedy zaczęła się nasza historia. Ustawę o IPN uchwalono 2 lata wcześniej, ale faktycznie działalność instytucji rozpoczęła się w 2000 roku. „Widziałbym działanie IPN jako próbę budzenia narodu do wielkości przez przywracanie mu jego pamięci i tożsamości” – tak zadanie instytucji przedstawił dr hab. Kurtyka, który potem został drugim prezesem IPN, a zginął 10 kwietnia 2010 r. w katastrofie lotniczej pod Smoleńskiem – przypomina prof. Filip Musiał, obecny dyrektor oddziału. Warto dodać, że spośród pracowników oddziału krakowskiego wywodzi się także obecny prezes IPN dr Jarosław Szarek.