Zabytkowy budynek kościoła, należący niegdyś do Szpitala Uniwersyteckiego Uniwersytetu Jagiellońskiego i do końca 2022 r. pozostający w jego dyspozycji, znalazł się wśród 17 obiektów stojących na 9-hektarowym obszarze kupionym przez gminę Kraków od szpitala, który ma obecnie nową siedzibę w Prokocimiu. Zaniepokojenie przyszłym losem kościoła wywołały m.in. wezwania lewicowego Kolektywu Wesoła do zdesakralizowania budynku kościoła pw. Niepokalanego Poczęcia NMP i uczynienia z niego miejsca koncertów i wykładów oraz zmiany projektu planu zagospodarowania przestrzennego terenów przy Wesołej, gdzie przy określeniu funkcji terenu przy ul. Kopernika 19 (tu stoi świątynia) podano ogólnikowo, że jego podstawowym przeznaczeniem jest "zabudowa budynkami usługowymi".

"Prezydent Jacek Majchrowski podczas spotkania zapewnił, że miasto nie rozważa zmiany funkcji obiektu. Ustalono, że zabytkowy kościół pozostanie miejscem sprawowania kultu. Do momentu oddania do użytku Centrum Muzyki w Cichym Kąciku obiekt przy Kopernika będzie służył także Capelli Cracoviensis jako miejsce organizowania koncertów muzyki klasycznej. Ustalono, że rozmowy dotyczące własności kościoła w przyszłości będą kontynuowane po oficjalnym przejęciu przez miasto obiektu od Szpitala Uniwersyteckiego. Jak zadeklarował ks. Paweł Rybski [ekonom archidiecezji], Archidiecezja Krakowska zaproponuje wymianę nieruchomości na grunty potrzebne miastu do realizacji celów publicznych" - napisano w komunikacie wydanym 21 stycznia wspólnie przez Monikę Chylaszek, rzecznika Prezydenta Miasta Krakowa, oraz ks. Łukasza Michalczewskiego, dyrektora Biura Prasowego Archidiecezji Krakowskiej.

Budowniczymi kościoła i klasztoru na Wesołej, gdzie znajduje się obecnie szpital, byli w XVII w. karmelici bosi. Klasztor został pod koniec XVIII w. gruntownie odrestaurowany po zniszczeniach z czasów konfederacji barskiej. Wówczas ówczesny prymas Michał Poniatowski postanowił przenieść tu szpital powszechny św. Łazarza. Na jego usilne nalegania karmelici zgodzili się na odstąpienie klasztoru za niewielką sumę.

Do czasu opuszczenia przez szpital budynków dawnego klasztoru karmelitów w świątyni będzie nadal działała kapelania szpitalna, w której posługują ojcowie misjonarze. Modlą się tu m.in. pacjenci i ich rodziny. W dni powszednie są tu odprawiane dwie Msze św. W każdą sobotę jest zaś odprawiana nowenna do Matki Bożej Cudownego Medalika oraz odmawiane są modlitwy w intencji chorych.

Nawet po wyprowadzce szpitala i likwidacji kapelanii świątyni nie grozi opustoszenie. Od kwietnia ub. roku kościół - na mocy decyzji władz kościelnych, które przez cały czas zachowywały i zachowują prawo decydowania o sprawowaniu w tym miejscu kultu Bożego - jest także siedzibą Duszpasterstwa Wiernych Liturgii Łacińskiej, prowadzonego przez Bractwo Kapłańskie św. Piotra. Według kierującego duszpasterstwem ks. Marcina Kostki, w nabożeństwach oraz innych formach duszpasterzowania uczestniczy ok. tysiąca osób, w tym wielu młodych, także małżeństw z dziećmi. Odbywają się tu także śluby i chrzty. W niedziele odprawia się tu sześć Mszy św. - dwie odprawiane, jak dawniej, przez kapelanów Szpitala Uniwersyteckiego oraz cztery sprawowane po łacinie, w nadzwyczajnej formie rytu rzymskiego.