Senat uczelni wyróżnił go m.in. za: „budowanie mostów jedności i współpracy pomiędzy Stolicą Apostolską a wieloma państwami świata, w tym za wybitne zasługi dla rozwoju współpracy Stolicy Apostolskiej z Polską; intensywne oraz wytrwałe głoszenie i obronę godności każdego człowieka i jego prawa do wolności i życia; życzliwą i skuteczną pomoc w przekształceniu Papieskiej Akademii Teologicznej w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie”. – Jestem przekonany, że Jan Pa- weł II cieszy się razem z nami, iż od dziś kard. Bertone wpisuje się w duchowy pejzaż Krakowa – powiedział kard. Stanisław Dziwisz.