Uroczystości pogrzebowe poprzedziła Msza św. w tynieckim opactwie benedyktynów pod przewodnictwem kard. Franciszka Macharskiego. „Duchowo uczestniczę we Mszy św. pogrzebowej za duszę śp. Marka Skwarnickiego, którego osoba była bliska Janowi Pawłowi II. Na największą wdzięczność zasługuje jego tłumaczenie Psalmów, którymi modlimy się codziennie” – napisał kard. Stanisław Dziwisz, metropolita krakowski, w liście odczytanym podczas Mszy.