- To jeden z najpiękniejszych XVII-wiecznych ołtarzy w Krakowie, bogato zdobiony, dzieło sztuki wysokiej klasy. Jego historia splatała się z burzliwymi dziejami Kościoła. W XVIII w. trzęsienie ziemi zrujnowało sklepienie nad nawą główną, więc ołtarz stał prawie pod gołym niebem. Potem były tu austriackie magazyny wojskowe, co też nie sprzyjało dbałości o wyposażenie świątyni - powiedziała historyk sztuki Joanna Daranowska-Łukaszewska.

W ołtarzu znajduje się obraz przedstawiający mistyczne zaślubiny św. Katarzyny Aleksandryjskiej z Chrystusem, namalowany w stylu szkoły weneckiej przez Andrzeja Wenestę, na podstawie ryciny Paula Pontiusa. Malowidło  ufundował ok. 1674 r. rajca kazimierski Maciej Treter.

Prace nad renowacją ołtarza wysokiego na 22 metry trwały 3 lata i kosztowały ok. 2,5 mln zł. Sfinansowano je w większości z pieniędzy Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa.

- Drewno ołtarza było poważnie osłabione przez drewnojady. Górne elementy były dodatkowo zniszczone w wyniku długotrwałego oddziaływania opadów w czasie, gdy sklepienie było częściowo zrujnowane - poinformowała konserwator Marta Bobek.

Zrekonstruowano 35 figurek aniołków. - Zachowało się ich jedynie 8. Na podstawie śladów ustaliliśmy jednak pierwotną liczbę figurek i dokonaliśmy rekonstrukcji - powiedziała M. Bobek.

Konserwatorzy podczas prac renowacyjnych „przekręcili” także głowę św. Katarzyny. W oryginalnym układzie kompozycyjnym spoglądała bowiem w kierunku Chrystusa, twarz widać było więc  z profilu. Podczas jednego z wcześniejszych przemalowań odwrócono głowę świętej tak, by spoglądała w kierunku wiernych stojących w nawie głównej. Teraz wrócono do dawnej kompozycji.

Dokonano również innego ciekawego odkrycia. Na drzwiach w dolnej części ołtarza znajdowały się dwa malowidła przedstawiające postacie Najświętszej Maryi Panny i Archanioła Gabriela. - Dokładne badania wykazały, że malowidła tworzyły niegdyś jeden obraz, wykonany w XVII wieku. Prawdopodobnie podczas prac renowacyjnych w XIX w. rozcięto go na pół, a następnie dopasowano do drzwi ołtarzowych - wyjaśniła M. Bobek.

Z postępu prac renowacyjnych cieszą się ojcowie augustianie, gospodarze świątyni. - Gdy wróciliśmy tu w 1987 r., niektóre elementy kościoła i klasztoru były zrujnowane. Od początku lat 90. ub. wieku odbywają się kolejne etapy prac renowacyjnych - powiedział o. Wiesław Dawidowski OSA, prowincjał augustianów.