Remont wnętrza poprzedziła renowacja elewacji, przeprowadzona na początku XXI wieku. Potem stopniowo dawny kształt i barwy odzyskiwały kolejne elementy. Od ścian, które trzeba było także zabezpieczyć (w niektórych miejscach pęknięcia były tak duże, że można było włożyć w nie rękę), przez ołtarze, obrazy, aż po elementy wyposażenia, takie jak feretrony, konfesjonały czy ławki. – Założeniem przeprowadzonej konserwacji było przywrócenie kościołowi wyglądu jak najbardziej zbliżonego do pierwotnego, barokowego wystroju – wyjaśnia Barbara Ferdek, która kierowała pracami. W sumie trwały one 12 lat i kosztowały ok. 12,5 mln złotych. Pieniądze pochodziły m.in. z Narodowego Funduszu Rewaloryzacji Krakowa, budżetu miasta oraz od sponsorów.