W pogrzebie, oprócz członków Episkopatu Polski, w tym kardynałów, wzięli również udział przedstawiciele najwyższych władz państwowych, m.in. prezydent RP Andrzej Duda i premier Beata Szydło. Na wzgórzu wawelskim zgromadziło się kilkuset duchownych oraz tysiące wiernych archidiecezji krakowskiej, chcących pożegnać swojego pasterza, który przez ponad ćwierć wieku kierował diecezją. W piątkowy ranek trumnę, która poprzedniego wieczora została ustawiona w głównej nawie katedry wawelskiej, przeniesiono na plac przed katedrą. Tam odmówiono przy niej modlitwę brewiarzową i odprawiono Mszę Świętą. Po jej rozpoczęciu ks. Paweł Ptasznik odczytał list papieża Franciszka, skierowany po śmierci kard. Macharskiego do kard. Stanisława Dziwisza. „Jestem wdzięczny Opatrzności, że dane mi było nawiedzić go podczas niedawnej wizyty w Krakowie. W tym ostatnim etapie życia był bardzo doświadczony cierpieniem, które znosił z pogodą ducha. Również w tym doświadczeniu pozostał świadkiem zawierzenia dobroci i miłosierdzia Boga. Takim pozostanie w mojej pamięci i modlitwie. Niech Pan przyjmie go do swojej chwały!” – napisał w liście Ojciec Święty.