Podczas obrzędu konsekracji metropolita krakowski namaścił środek ołtarza i cztery jego boki olejami świętymi. Gest ten ma oznaczać, iż Ewangelia ma być niesiona na cztery strony świata.

Z kolei ściany świątyni olejami świętymi namaścili posłani przez kardynała biskupi: bp Jan Zając, bp Jan Szkodoń, bp Damian Muskus i bp Grzegorz Ryś.

Następnie rozpalone kadzielnice do kościoła wnieśli górnicy z Kopalni Soli Wieliczka, a kardynał dokonał obrzędu okadzenia ołtarza oraz okadzenia wiernych na znak ich uczestnictwa w zbawczej ofierze Chrystusa.

Po przygotowaniu ołtarza do dalszej części Eucharystii do kościoła zostały też wniesione zapalone świece, symbolizujące spalanie się Chrystusa z miłości do człowieka. Kard. Dziwisz zapalone świece przekazał następnie Rycerzom św. Jana Pawła, którzy zanieśli je w miejsca namaszczenia kościoła.

Jak zauważył wieloletni sekretarz papieża Polaka, podziw i wdzięczność za dar świętego papieża przybierają różne formy. Dokumentujemy jego nauczanie, kształtujące świadomość współczesnego Kościoła, postawiono mu też wiele pomników, a jego imieniem nazwano wiele ulic i placów, a także ośrodki charytatywne, kulturalne i edukacyjne, inspirujące się myślą swego patrona. 

W ten fenomen w szczególny sposób wpisuje się Centrum Jana Pawła II "Nie lękajcie się!", którego sercem jest konsekrowane dziś sanktuarium.

Kardynał przypomniał też, że konsekracja sanktuarium wpisuje się w obchody 1050. rocznicy chrztu Polski, czyli wydarzenia, które stało się fundamentem kształtowania się naszej polskiej państwowości i tożsamości.

- Jak słusznie podkreślił Jan Paweł II już podczas pierwszej podróży apostolskiej do ojczyzny, podważając tym samym obowiązującą wówczas wykładnię naszych dziejów. "Kościół przyniósł Polsce Chrystusa - to znaczy klucz do zrozumienia tej wielkiej i podstawowej rzeczywistości, jaką jest człowiek. […] Nie można bez Chrystusa zrozumieć dziejów Polski" - mówił, przytaczając fragment homilii wygłoszonej przez papieża 2 czerwca 1979 r.

Nawiązując do tych słów metropolita odniósł się do aktualnych problemów w naszym kraju.

- Wsłuchując się w te słowa papieża, a jednocześnie myśląc o naszych polskich sprawach, o toczących się debatach i sporach, dotykających problemu życia i godności człowieka, zwłaszcza bezbronnego człowieka, warto postawić pytanie: kim jest dzisiaj Chrystus dla synów i córek naszej ziemi? Jedno jest pewne: ewangelizacja, podjęta na naszej ziemi przed wiekami, musi być podejmowana na nowo, aby kształtowała umysły, serca i sumienia dzisiejszego pokolenia Polek i Polaków - apelował.

Kardynał wspomniał także, że w obchodzonym właśnie Roku Miłosierdzia swój ogromny udział mają apostołowie Bożego Miłosierdzia: św. s. Faustyna i św. Jan Paweł II, który od pierwszych lat pontyfikatu mówił światu o Bożym Miłosierdziu.

- Nie mogło być inaczej w wypadku Papieża pochodzącego z Krakowa, z miasta, z którego rozległo się wołanie o miłosierdzie i z którego iskra miłosierdzia miała zapalić płomienie miłosierdzia na całym świecie. Nie mogło być inaczej w wypadku papieża, na którego ojczystej ziemi obłąkana ideologia nazistowska zbudowała Auschwitz - pomnik nienawiści do człowieka, a więc i do Boga, stanowiący radykalne zaprzeczenie miłosierdzia, miłosiernej miłości, bez której świat idzie na zatracenie. Nie mogło być inaczej w wypadku papieża, który doświadczył, czym jest komunistyczna, oszukańcza ideologia, która obiecywała raj na ziemi, a pozostawiła za sobą ruiny duchowe i materialne w wielu krajach, a także morze cierpienia i śmierci ludzi skazanych do życia na nieludzkiej ziemi - mówił z naciskiem kard. Dziwisz.

Mówiąc o życiu świętego papieża Polaka, nie mógł on również nie wspomnieć Światowych Dni Młodzieży, czyli wielkiego dzieła św. Jana Pawła II. Zdaniem kardynała, ŚDM, które w lipcu odbyły się w Krakowie, były wydarzeniem zbyt wielkim, by można je było zapisać tylko na kartach historii.