Okupację niemiecką kopiec przetrwał w dobrym stanie, chociaż w 1941 r. pojawiła się - na szczęście niezrealizowana - koncepcja zniszczenia kopców Kościuszki i Piłsudskiego jako widocznych z daleka symboli nieugiętości Polaków w ich niepodległościowych dążeniach. Po wojnie był jednak wymazywany z pamięci przez władze komunistyczne i niszczał. Dramat Mogiły Mogił rozpoczął się w czasach stalinowskich. Komuniści postanowili pójść w ślady Niemców i zniszczyć kopiec Piłsudskiego, jako bohatera obcej im historii. Nie mogąc jednak splantować gigantycznej masy ziemi, przystąpili do zalesiania zboczy i otoczenia ziemnego pomnika, co doprowadziło do sztucznej erozji. W 1953 r. zdarto - przy pomocy czołgu - ze szczytu Mogiły Mogił granitową płytę z krzyżem legionowym.

- Osuwanie się gleby spowodowało z upływem lat obniżenie się wierzchołka kopca o 2 metry, stożek uległ całkowitej deformacji, asfaltowe ścieżki zniknęły pod zwałami ziemi. Jednocześnie wykreślano jego nazwę ze wszystkich map, planów i przewodników, zastępując ją enigmatycznym określeniem: "punkt widokowy na Sowińcu". Krakowianie śmiali się, że jest to jedyny na świecie "kopiec imienia nieznanego marszałka" - przypomniał dr Jerzy Bukowski, przewodniczący Komitetu Opieki nad Kopcem Józefa Piłsudskiego.

O szacunek dla symbolu niepodległości Polski zaczęli jednak dopominać się wychodzący po 1956 r. z komunistycznych więzień legioniści i peowiacy. - Na ich czele stanął żołnierz I Brygady Legionów, pułkownik Józef Herzog. Pisał memoriały i apele do władz, ale pozostawały one bez odpowiedzi - wspomina przewodniczący Komitetu Opieki nad Kopcem Piłsudskiego. Jedyne wsparcie płk Herzog otrzymał od metropolity krakowskiego, kard. Karola Wojtyły (syna oficera II RP); w 1974 r. napisał on do niego: "Pragnę wyrazić moją solidarność z Pańskimi poczynaniami, które mają na celu obronę godności narodu, a zwłaszcza honoru polskiego żołnierza - tego, któremu Polska zawdzięcza niepodległość. Wołanie o szacunek dla pamiątek przeszłości. m.in. dla kopca Józefa Piłsudskiego na Sowińcu, jest w pełni uzasadnione. Oby jeszcze było skuteczne...".

Podjęte przez płk. Herzoga starania oraz powstały w 1980 r. Komitet Opieki nad Kopcem Piłsudskiego doprowadziły do odnowienia Mogiły Mogił. Prace przy jej odbudowie ruszyły pełną parą w 1980 r., czemu sprzyjała atmosfera radosnego karnawału 16 miesięcy pierwszej „Solidarności”. W ruch poszły siekiery, kilofy, taczki i łopaty w rękach członków i sympatyków Komitetu Opieki nad Kopcem, m.in. z kręgów Konfederacji Polski Niepodległej. Po 1989 r. kopiec był już w przyzwoitym stanie. Musiał być jednak jeszcze kilkakrotnie odnawiany, m.in. wówczas, gdy po powodziach w 1997 i 2010 r. osunęła się ziemia z jej zboczy. Teraz jest w dobrym stanie i odbywają się przy nim uroczystości patriotyczne. Wiele osób wspina się w letnie dni na jego szczyt, na którym łopoce flaga narodowa.