Właśnie z tego miejsca, począwszy od pierwszej pielgrzymki do ojczyzny po wyborze Karola Wojtyły na tron Piotrowy, zawsze gdy Ojciec Święty był w swoim krakowskim domu, prowadził dialogi przede wszystkim z młodzieżą. Tu też krakowianie zgromadzili się, gdy Ojciec Święty odchodził do domu Ojca i tu przychodzą co roku w godzinę śmierci papieża 2 kwietnia o 21.37.
Tak było i w tym roku. Przed oknem papieskim zapłonęły znicze. Wraz z mieszkańcami miasta i turystami modlił się wierny sekretarz Karola Wojtyły, a później Jana Pawła II - kard. Stanisław Dziwisz, który wspominał dzień odchodzenia Ojca Świętego. - Już po jego śmierci pytałem duże grupy osób gromadzące się w Rzymie, dlaczego tutaj są. "On był z nami i my dziś jesteśmy z nim i chcemy go odprowadzić do domu Ojca" - odpowiadali. Wzruszające były świadectwa młodzieży. Cieszę się, że i dzisiaj nie zabrakło młodzieży pod oknem papieskim. Ja bylem zaś wtedy, 13 lat temu, z Ojcem Świętym przez wszystkie chwile, przez wszystkie godziny ostatniego dnia jego ogromnej świadomości, że odchodzi do domu Ojca. On dawał nam poczucie wielkiego zaufania, zaufania, że odchodzi po dokończonym, spełnionym życiu. W sobotę przed południem, przed niedzielą Bożego Miłosierdzia, żegnał się ze wszystkimi współpracownikami. Był wśród nich kard. Joseph Ratzinger, który przejął po nim pasterstwo Kościoła powszechnego. Mówił im wszystkim "dziękuję" i podawał rękę. Oprócz dostojników przychodzili także ze łzami w oczach prości ludzie, żeby się z nim pożegnać. Po południu poprosił, żeby czytano mu Pismo Święte. Tak spokojnie przygotowywał się na przejście na drugi świat. Wieczorem przyszło nam na myśl pożegnanie się z nim w trakcie wspólnego odprawiania Eucharystii o Bożym Miłosierdziu. Zdążyliśmy podać mu Komunię Świętą i za parę chwil odszedł do Pana - wspominał kard. Dziwisz. - Mam przed oczyma ten moment, gdy o 21.37 jego serce stanęło. I nasze serca też wówczas prawie stanęły. Stanęły w sensie psychologicznym, z żałości. Żegnaliśmy ojca, żegnaliśmy pasterza Kościoła powszechnego, żegnaliśmy wielkiego papieża, wielkiego rodaka. Był pasterzem Kościoła powszechnego, ale Kraków, Polska były zawsze bliskie jego sercu. Dziękuję wam, że tu jesteście, że nie zapominacie, że przychodzicie pod to okno, aby z wdzięcznością spojrzeć na św. Jana Pawła II, który widnieje tutaj w obrazie. Mam nadzieję, że będziemy tu jeszcze niejednokrotnie przychodzić i cieszyć się, że był z nami - powiedział do zebranych.
Kard. Dziwiszowi towarzyszyli pod oknem papieskim kapłani, na czele z bp. Janem Szkodoniem. Modlitwę poprowadził ks. Łukasz Michalczewski. Pozdrowienie do zgromadzonych skierował nieobecny o tej porze w Krakowie metropolita krakowski abp Marek Jędraszewski.
W godzinę śmierci Jana Pawła II ludzie spontanicznie odśpiewali "Barkę", a następnie złożyli kwiaty pod pomnikiem Ojca Świętego na dziedzińcu Domu Arcybiskupów Krakowskich.
