W nocy z 25 na 26 września 1953 roku został on aresztowany i wywieziony do więzienia na Mokotowie. Był wielokrotnie przesłuchiwany i torturowany. Komuniści chcieli wymusić na nim zeznania obciążające kard. Wyszyńskiego, które miały być podstawą do przeprowadzenia pokazowego procesu Prymasa Tysiąclecia.

- To się nie stało - mówił o abp. Baraniaku metropolita krakowski abp Marek Jędraszewski, który 2 czerwca przewodniczył w Morawicy Mszy św. z okazji setnej rocznicy odzyskania niepodległości. - Pozostał niezłomnym. To było bardzo charakterystyczne dla jego postawy - podkreślał.

- Kiedy trzeba było, bardzo ostro i bardzo twardo bronił praw Kościoła. Takiego go pamiętam jako arcybiskupa poznańskiego - dodał abp Jędraszewski.

Po Mszy św. Krzyże Kawalerskie Orderu Odrodzenia Polski otrzymali Piotr Boroń i ks. Franciszek Kołacz.

Piotr Boroń został odznaczony za wybitne zasługi w działalności na rzecz przemian demokratycznych w Polsce i za kultywowanie tradycji patriotycznych, a ks. Franciszek Kołacz - za wybitne zasługi w działalności duszpasterskiej, kultywowanie wartości patriotycznych oraz działalność społeczną.