W 1993 r. trafił do krakowskiej kurii, gdzie pracował jako dyrektor Wydziału Koordynacji Duszpasterstwa, a w 2002 r. został kustoszem nowego sanktuarium Bożego Miłosierdzia. – Kiedyś żartowałem, że tak jak dobry pasterz – w myśl zaleceń papieża Franciszka – pachnie owcami, tak Łagiewniki pachną Zającem. Jest ikoną tego świętego miejsca od samego początku, jeszcze na wiele lat przed konsekracją bazyliki, kiedy zaczęły się transmisje Mszy św. dla chorych – wspomina jego wieloletni współpracownik ks. prał. Franciszek Ślusarczyk.

W wymiarze zewnętrznym o jego zatroskaniu o rozwój sanktuarium świadczą kolejne kaplice, aula św. Jana Pawła II, wieża widokowa, a w samej świątyni: witraże, droga krzyżowa, organy czy dzwon, który nosi imię patrona bp. Jana – św. Jana Chrzciciela. – Myślę, że cała jego pasterska posługa jest realizowaniem właśnie tego Janowego zadania, by wskazywać wiernym drogę do Jezusa jako Bożego Baranka, który wciąż niesie przebaczenie, zbawienie i pokój całemu światu – podkreśla ks. Ślusarczyk.

W 2004 r. Jan Paweł II mianował ks. Jana biskupem pomocniczym archidiecezji krakowskiej. Jest „biskupem od Bożego miłosierdzia”. – Głosił to orędzie i pełnił posługę miłości wobec pielgrzymów, a odkąd został biskupem, wyruszył z tym orędziem do poszczególnych wspólnot i parafii – uważa jego następca w Łagiewnikach. Jest do dyspozycji kapłanów, sióstr zakonnych i świeckich na każde zawołanie. Kiedy nie może odebrać telefonu, zawsze oddzwania, by nikogo nie pozostawić bez odpowiedzi. Z jego inicjatywy odbywa się m.in. peregrynacja obrazu Jezusa Miłosiernego do kolejnych parafii i diecezji.

Jest powszechnie lubiany za poczucie humoru, bezpośredniość, dystans wobec samego siebie. Ludzie cenią jego kulturę osobistą i delikatność, kiedy trzeba podejmować trudne decyzje. Świeccy współpracownicy bp. Jana podkreślają jego ojcowskie serce. – Kilka lat temu straciłam tatę i właściwie od tego czasu on zachowuje się w stosunku do mnie jak tata – mówi o nim Małgorzata Pabis. Wiele osób ma w oczach i pamięci obraz bp. Zająca, który z daleka macha na powitanie i uśmiecha się, pozdrawiając. – Nie zdarzyło się, żeby przeszedł bez słowa. Dopytuje, co słychać u mnie i u mojej rodziny. Kilka razy w życiu przeżyłam straszne momenty, kiedy było mi bardzo ciężko i zwyczajnie nie wiedziałam, co robić. Kiedy porozmawiałam z bp. Janem, wszystko mijało. Potrafi powiedzieć coś takiego, że można podnieść głowę i iść dalej – wyznaje rzeczniczka prasowa sanktuarium i dziennikarka.

Wszystkich zastanawia tajemnica młodości ducha bp. Jana. – Myślę, że jedyną odpowiedzią na pytanie, skąd on to ma, jest bogactwo Bożego miłosierdzia, które odmładza – twierdzi ks. Ślusarczyk. A sam jubilat wyznaje: – Cóż powiedzieć? Dziękuję Panu Bogu za to, co jest, i proszę, bym mógł wypełnić to, co jeszcze przede mną. Chciałbym do samego końca świecić, nie kopcić.