Mszy św. w katedrze na Wawelu przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz. W homilii krakowski arcybiskup senior podkreślał, że królewska katedra na wzgórzu wawelskim jest "świadkiem wiary pokoleń, które nas poprzedziły w drodze do wieczności". - My stanowimy tylko kolejne ogniwo. Przyszliśmy i odejdziemy tak, jak oni - mówił.

Przypomniał, że w historię tej świątyni wpisał się św. Jan Paweł II jako biskup Kościoła krakowskiego i jako papież. W Dzień Zaduszny przypada rocznica jego Mszy prymicyjnych, które odprawił w krypcie św. Leonarda. - Dziś mamy w nim orędownika w niebie i szczególnego przewodnika wiary na naszych drogach do wieczności - przypomniał dawny sekretarz świętego papieża.

- Zmierzamy do życia, które nam gwarantuje Chrystus, po to bowiem umarł i zmartwychwstał, aby ocalić nasz los. Oto Dobra Nowina, którą my sami powinniśmy żyć, o której powinniśmy świadczyć całym naszym życiem, żeby świat uwierzył w Tego, który jako jedyny miał i ma słowa życia wiecznego - nauczał kaznodzieja. Jak dodał, takie świadectwo jest potrzebne również wobec "tych, którzy nie znają Chrystusa lub nie znają Go dostatecznie, dlatego nie szukają u Niego odpowiedzi na najważniejsze pytania i nie odnaleźli jeszcze drogi do Jego Kościoła".

W uroczystej modlitwie w intencji królów, świętych, wieszczów i bohaterów narodowych uczestniczyli także krakowscy biskupi oraz Kapituła Metropolitalna, wielu kapłanów i alumni Wyższego Seminarium Duchownego w Krakowie.

W modlitwach wspominano zmarłego dzisiaj ks. Jacka Pietruszkę, który przez wiele lat był związany z katedrą na Wawelu jako wikariusz.

Przy biciu dzwonu Zygmunta po Mszy św. wyruszyła uroczysta procesja, która najpierw zatrzymała się pod konfesją św. Stanisława, gdzie modlono się w intencji zmarłych papieży, biskupów i kapłanów. Później orszak przeszedł pod Czarny Krzyż św. Jadwigi, gdzie odbyły się modlitwy za zmarłych rodziców, krewnych i przyjaciół.

Przy Kaplicy Zygmuntowskiej, gdzie umieszczono trzecią stację procesji, modlono się za wszystkich zmarłych, którzy "oddali się na służbę Kościoła i pełniąc rozmaite funkcje społeczne przyczyniali się do sprawiedliwości i pokoju w naszym narodzie i całej rodzinie ludzkiej". Za poległych na frontach wojen i ofiary konfliktów, prześladowań i reżimów totalitarnych modlono się przy Kaplicy Świętokrzyskiej.

Procesja zakończyła się w krypcie św. Leonarda, czyli w miejscu, gdzie 73 lata temu odprawił swoją pierwszą Mszę św. młody ks. Karol Wojtyła.

Pod konfesją św. Stanisława spoczywają prochy dwóch wybitnych metropolitów krakowskich - Adama Stefana Sapiehy oraz Franciszka Macharskiego. W krypcie wawelskiej pochowanych jest większość władców dawnej Polski. Pierwszymi monarchami pochowanymi na Wawelu byli: Mieszko, syn Bolesława Śmiałego, Bolesław Kędzierzawy, Kazimierz Sprawiedliwy, Bolesław i Leszek Biały, obok monarchów pochowane w kryptach są też ich rodziny. Zygmunt Stary zdecydował, że prochy królewskie będą grzebane w podziemiach katedry. Swoje prochy kazał pogrzebać pod wybudowaną dla siebie kaplicą zwaną Kaplicą Zygmuntowską.

Po pewnym czasie zdecydowano, że w podziemiach katedry chowani będą także bohaterowie narodowi i najwięksi poeci. Leżą tu książę Józef Poniatowski, Tadeusz Kościuszko, Adam Mickiewicz, Juliusz Słowacki oraz symboliczne prochy Cypriana Kamila Norwida. Pod Wieżą Srebrnych Dzwonów złożono w krypcie ciało marszałka Józefa Piłsudskiego. Spoczywa tam także para prezydencka Maria i Lech Kaczyńscy.