Samostrzelnik wykonał wraz ze swoimi pomocnikami ogromną robotę. Ozdobił nie tylko kościół, lecz także krużganki, refektarz, kapitularz i bibliotekę. Odnowieniem, a niekiedy i rekonstrukcją jego malowideł zajęła się wraz z zespołem Aleksandra Grochal z Pracowni Konserwacji Dzieł Sztuki „Renowacja”. Najpierw w latach 2005–2008 odnowiono freski znajdujące się na krużgankach klasztoru, m.in. malowidło „Ukrzyżowanie”, oraz polichromię z elementami roślinnymi znajdującą się na sklepieniu. W 2012 r. odnawiano znajdujące się w prezbiterium bazyliki „Zwiastowanie”, w 2014 r. zaś znajdujące się nad zakrystią „Ukrzyżowanie”, które zostało w znacznym stopniu zrekonstruowane. Od 2017 r. pracowano przy dalszej renowacji malowideł w świątyni.