W kolegiacie św. Anny w Krakowie społeczność akademicka modliła się przy trumnie pierwszego rektora Papieskiej Akademii Teologicznej.
Mszy św. przewodniczył abp Marek Jędraszewski. W krakowskiej świątyni akademickiej zgromadzili się m.in. kard. Stanisław Dziwisz, metropolita lwowski obrządku łacińskiego abp Mieczysław Mokrzycki, sekretarz KEP bp Artur Miziński, abp Wiktor Skworc, abp Grzegorz Ryś, bp Grzegorz Kaszak, bp Kazimierz Górny, bp Paweł Socha, bp Marian Rojek, bp Jan Wątroba, bp Jan Zając, ukraińscy biskupi Marian Buczek i Edward Kawa, przedstawiciele krakowskich uczelni i rodzina zmarłego kardynała.
Metropolita krakowski na początku przeczytał telegram kondolencyjny papieża Franciszka:
Homilię wygłosił biskup senior diecezji świdnickiej Ignacy Dec, który nazwał zmarłego kardynała średniowiecznym określeniem philosophorum decus et theologorum princeps, czyli "ozdobą filozofów i księciem teologii". - Dziękujemy za łączenie w swoim myśleniu, mówieniu i działaniu mądrości ze świętością, wiary i rozumu, religii i nauki, filozofii i teologii, filozofii i pozostałych nauk - mówił.
Bp Dec podkreślał, że dla kard. Jaworskiego prawdy wiary, zawarte w Bożym objawieniu i przybliżane przez teologię, były także prawdą filozofii, "prawdą, która wyrasta z zadumy nad światem i nad człowiekiem". Zauważył, że w jego obejmującym 70 lat kapłańskim, biskupim i kardynalskim okresie życia znajdują się dwie katedry: akademicka i biskupia.
- Stąd też można powiedzieć, że ksiądz kardynał był człowiekiem Kościoła i nauki, był kapłanem, biskupem i kardynałem, i jednocześnie nauczycielem akademickim, profesorem - dodał.
Kaznodzieja scharakteryzował trzy obszary zaangażowania zmarłego hierarchy: naukowo- badawczy, dydaktyczno-organizacyjny oraz działalność na rzecz nauki katolickiej w Polsce.
Emerytowany biskup świdnicki przywołał również wkład kard. Jaworskiego w odrodzenie życia religijnego katolików na Ukrainie oraz struktur diecezjalnych i hierarchii Kościoła rzymskokatolickiego. - Jest to dzieło nie do przecenienia. W obecnej sytuacji narodowej i wyznaniowej wymagało ono niezwykłej delikatności, mądrości, roztropności i cierpliwości - ocenił.
Na koniec bp Dec zwrócił się do zmarłego kardynała. - Dziękujemy Panu Bogu za ciebie, za to, co Bóg przez ciebie uczynił dla Kościoła, dla Krakowa, dla Polski, dla Ukrainy, dla polskiej nauki. Dziękujemy tobie za przykład ufnej, pokornej wiary i ogromnej wiedzy, która w połączeniu z wiarą była mądrością, którą nas obdarzałeś – mówił. - Czyniłeś to z klasą, z wielką pokorą wobec Pana Boga i ludzi, wobec prawdy, dobra i piękna - dodał.